Als «sequence-analysis» getaggte Fragen

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Festlegung der negativen Binomialverteilung für die DNA-Sequenzierung
Die negative Binomialverteilung hat sich in der Bioinformatik zu einem beliebten Modell für Zähldaten (insbesondere die erwartete Anzahl von Sequenzierungslesevorgängen innerhalb einer bestimmten Region des Genoms aus einem bestimmten Experiment) entwickelt. Erklärungen variieren: Einige erklären es als etwas, das wie die Poisson-Verteilung funktioniert, aber einen zusätzlichen Parameter hat, der mehr …
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Warum haben Anova () und drop1 () unterschiedliche Antworten für GLMMs geliefert?
Ich habe ein GLMM der Form: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Wenn ich benutze drop1(model, test="Chi"), erhalte ich andere Ergebnisse als wenn ich Anova(model, type="III")aus dem Autopaket oder benutze summary(model). Diese beiden letzteren geben die gleichen Antworten. Unter Verwendung einer Reihe …
10 r  anova  glmm  r  mixed-model  bootstrap  sample-size  cross-validation  roc  auc  sampling  stratification  random-allocation  logistic  stata  interpretation  proportion  r  regression  multiple-regression  linear-model  lm  r  cross-validation  cart  rpart  logistic  generalized-linear-model  econometrics  experiment-design  causality  instrumental-variables  random-allocation  predictive-models  data-mining  estimation  contingency-tables  epidemiology  standard-deviation  mean  ancova  psychology  statistical-significance  cross-validation  synthetic-data  poisson-distribution  negative-binomial  bioinformatics  sequence-analysis  distributions  binomial  classification  k-means  distance  unsupervised-learning  euclidean  correlation  chi-squared  spearman-rho  forecasting  excel  exponential-smoothing  binomial  sample-size  r  change-point  wilcoxon-signed-rank  ranks  clustering  matlab  covariance  covariance-matrix  normal-distribution  simulation  random-generation  bivariate  standardization  confounding  z-statistic  forecasting  arima  minitab  poisson-distribution  negative-binomial  poisson-regression  overdispersion  probability  self-study  markov-process  estimation  maximum-likelihood  classification  pca  group-differences  chi-squared  survival  missing-data  contingency-tables  anova  proportion 
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Wie man die Zusammenarbeit anhand von Verhaltenssequenzen beweist
Situation: Zwei Vögel (männlich und weiblich) schützen ihre Eier im Nest vor einem Eindringling. Jeder Vogel kann entweder Angriff oder Bedrohung zum Schutz verwenden und entweder anwesend oder abwesend sein. Aus Daten geht ein Muster hervor, dass das Verhalten komplementär sein kann - männliche Angriffe, während Frauen die Bedrohungsanzeige verwenden …
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Sequentielle Muster identifizieren
Ich arbeite mit Sequenzdaten, bei denen es sich um lange Listen von Malware-Win-API-Aufrufen handelt. Ich versuche, das Problem der Identifizierung von "Malware-Verhalten" in eine Suche nach sequentiellen Mustern umzuwandeln. Ich behandle jeden API-Aufruf als einen einzelnen Artikel. Die Anzahl der verschiedenen möglichen Elemente (API-Aufrufe) ist ziemlich groß. Wenn ich nun …
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