Computational Science molecular-dynamics

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Unterstützen derzeit verfügbare GPUs Gleitkomma-Arithmetik mit doppelter Genauigkeit?

Ich habe den Molekulardynamik (MD) Code GROMACS ausgeführt auf einem Ubuntu-Linux-Cluster ausgeführt, der aus Knoten mit 24 Intel Xeon-CPUs besteht. Mein besonderes Interesse hat sich als etwas empfindlich für die arithmetische Gleitkommapräzision erwiesen, daher musste ich GROMACS mit doppelter Genauigkeit anstatt mit einfacher Genauigkeit ausführen - trotz des höheren Rechenaufwands …

17 hpc floating-point molecular-dynamics gpu

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Euklidischer Abstand in Oktave

Ich würde gerne wissen, ob es einen schnellen Weg gibt, den euklidischen Abstand zweier Vektoren in Oktave zu berechnen. Es scheint, dass es dafür keine spezielle Funktion gibt. Soll ich also einfach die Formel mit verwenden sqrt?

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Was sind die Vor- und Nachteile der Parallelisierungsalgorithmen für die Partikelzerlegung und die Domänenzerlegung?

Ich führe Molekulardynamik (MD) -Simulationen mit verschiedenen Softwarepaketen wie Gromacs und DL_POLY durch. Gromacs unterstützt jetzt sowohl den Partikelzerlegungs- als auch den Domänenzerlegungsalgorithmus . Standardmäßig verwenden Gromacs-Simulationen die Domänenzerlegung, obwohl bis vor kurzem die Partikelzerlegung für viele Jahre die einzige in Gromacs implementierte Methode war. In einem der Gromacs-Artikel (DOI …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Komplexität von MD-Simulationen

Ich bin neu in der Molekulardynamik (MD) Simulation. Was ist die Komplexität einer Molekulardynamiksimulation in Bezug auf die Simulationszeit? Mit anderen Worten, wenn ich die simulierte Zeit von 10 Nanosekunden auf 20 Nanosekunden erhöhen möchte, was kann ich in Bezug auf die Laufzeiterhöhung erwarten?

14 molecular-dynamics complexity

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Warum ist die Sprungintegration symplektisch und RK4 nicht, wenn letzteres genauer ist?

In einem System, in dem theoretisch Energie gespart werden sollte, würde die genaueste Simulation Energie sparen (sowie genaue Positionen, Geschwindigkeiten usw. angeben). RK4 ist genauer als Bocksprung, aber Bocksprung spart Energie und RK4 nicht. Warum ist das?

13 computational-physics time-integration molecular-dynamics runge-kutta

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Möglichkeiten, ab initio MD von klassischer MD zu starten

Ich führe zu Testzwecken molekulardynamische Simulationen von Wasser durch. Die Box ist ziemlich klein, wenn Sie einen Mann mit klassischer MD fragen, und relativ groß, wenn Sie einen DFT-Mann fragen: Ich habe 58 Wassermoleküle unter periodischen Randbedingungen. Um CPU-Zeit zu sparen, optimiere ich meine Zelle mit einem klassischen Kraftfeld, bevor …

9 molecular-dynamics density-functional-theory

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Genetischer Algorithmus gegen konjugierte Gradientenmethode

Ich versuche, einige Kraftfeldparameter in einem molekularen Rahmen zu optimieren, damit das Ergebnis der Simulation der experimentellen Struktur so nahe wie möglich kommt. In der Vergangenheit habe ich einen genetischen Algorithmus geschrieben, bei dem ich den Parameterraum im Wesentlichen zufällig abtaste, die am besten geeignete Kombination auswähle, Sätze mutierter Parameter …

8 optimization molecular-dynamics conjugate-gradient

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Molekulardynamische Simulation von Wasserdampf?

Ich versuche MD mit Wasserdampf zu machen. Wie ich weiß, gibt es einige Wassermodelle für flüssiges Wasser, wie SPC, SPC / E, TIP3P, aber gelten sie auch für den Dampfzustand von Wasser? Und was ist der Unterschied zwischen Simulationen von flüssigem und dampfförmigem Wasser?

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Als «molecular-dynamics» getaggte Fragen