Computational Science

Fragen und Antworten für Wissenschaftler, die Computer verwenden, um wissenschaftliche Probleme zu lösen



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Was sind die Hauptunterschiede zwischen PETSc und Trilinos?
Soweit ich das beurteilen kann, handelt es sich bei den beiden großen generischen IT- Software-Frameworks des US-Energieministeriums um PETSc und Trilinos . Sie scheinen auf den ersten Blick ähnlich zu sein, abgesehen von Sprachunterschieden (C versus C ++). Was sind die Hauptunterschiede zwischen den beiden Frameworks und welche Faktoren sollten …

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Welche Software eignet sich für das parallele Debuggen?
Momentan führe ich keinen parallelen Code aus, ich erwarte jedoch, zukünftig parallelen Code mit einem Hybrid aus OpenMP und MPI auszuführen. Bei der Ausführung von Serienprojekten waren Debugger für mich von unschätzbarem Wert. Kann jemand einen parallelen Debugger (oder mehrere Debugger) zum Debuggen paralleler Software empfehlen? Freie Software wäre vorzuziehen, …

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Wie fügt man zuverlässig große Exponentialterme ohne Überlauffehler hinzu?
Ein sehr verbreitetes Problem in der Markov-Kette von Monte Carlo ist die Berechnung von Wahrscheinlichkeiten, die sich aus großen Exponentialausdrücken zusammensetzen. ea1+ea2+...ea1+ea2+... e^{a_1} + e^{a_2} + ... wobei die Komponenten aaa Dose von sehr klein bis sehr groß reichen. Mein Ansatz war es, den größten exponentiellen Term so dass:K:=maxi(ai)K:=maxi(ai)K := …

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Welches Prinzip steckt hinter der Konvergenz der Krylov-Subraummethoden zur Lösung linearer Gleichungssysteme?
Nach meinem Verständnis gibt es zwei Hauptkategorien iterativer Methoden zum Lösen linearer Gleichungssysteme: Stationäre Methoden (Jacobi, Gauß-Seidel, SOR, Multigrid) Krylov-Subraum-Methoden (Conjugate Gradient, GMRES usw.) Ich verstehe, dass die meisten stationären Methoden durch iteratives Relaxieren (Glätten) der Fourier-Modi des Fehlers funktionieren. Wie ich es verstehe, funktioniert die Methode des konjugierten Gradienten …


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Welches Material sollte ich einem Zeitschriftenartikel (oder einer Online-Veröffentlichung) beifügen, um meine Computerrecherche reproduzierbar zu machen?
Die Reproduzierbarkeit wird in der rechnerwissenschaftlichen Forschung immer wichtiger. (Siehe z. B. diesen Artikel von Roger Peng in Science ; mir sind auch andere Artikel und Websites dieser Art bekannt.) Es ist mir jedoch nicht klar, wie viele Informationen ich in einem Zeitschriftenartikel (oder online) machen soll meine rechnerrecherche reproduzierbar …



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Wann ist das Erstellen eines Clusters in der Cloud billiger als das Erstellen eines Clusters in meinem Labor für MD-Simulationen?
Ein Amazon EC2-Computing-Cluster kostet im Verlauf von 3 Jahren etwa 800 bis 1000 US- Dollar (abhängig vom Arbeitszyklus) pro physischem CPU-Kern. In unserer letzten Runde der Hardware-Akquisition hat mein Labor Hardware im Wert von 48 Kernen für ca. 300 US-Dollar pro Kern gefunden, die denen von Amazon-Clustern sehr ähnlich sind. …

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Ist es möglich, mit Octave MATLAB-Programmierung zu lernen?
Diese Frage wurde von Cross Validated migriert, da sie über Computational Science Stack Exchange beantwortet werden kann. Vor 7 Jahren migriert . Ich möchte die MATLAB-Programmierung erlernen, damit ich einige Recherchen / Analysen selbst durchführen und auch einige MATLAB-Skripte studieren / modifizieren kann, die ich online gefunden habe usw. Das …




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