Als «reproducibility» getaggte Fragen

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Wie stelle ich sicher, dass die Ergebnisse meiner Simulationen und die Ergebnisse in meiner Arbeit immer synchron sind?
In einer meiner Arbeiten liste ich neben einigen Zahlen auch einige numerische Ergebnisse auf. Ich möchte sicherstellen, dass die numerischen Ergebnisse in meinem Artikel immer mit dem Code übereinstimmen. Im Moment kopiere ich die numerischen Ergebnisse von meiner Simulationsausgabe direkt in das Papier, was extrem einfach und technisch einfach, aber …
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Welches Material sollte ich einem Zeitschriftenartikel (oder einer Online-Veröffentlichung) beifügen, um meine Computerrecherche reproduzierbar zu machen?
Die Reproduzierbarkeit wird in der rechnerwissenschaftlichen Forschung immer wichtiger. (Siehe z. B. diesen Artikel von Roger Peng in Science ; mir sind auch andere Artikel und Websites dieser Art bekannt.) Es ist mir jedoch nicht klar, wie viele Informationen ich in einem Zeitschriftenartikel (oder online) machen soll meine rechnerrecherche reproduzierbar …
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Was ist der beste Weg, um reproduzierbare Nachforschungen anzustellen, wenn Sie proprietäre Bibliotheken benötigen?
Reproduzierbare Berechnungsforschung zielt darauf ab, den Code, der zur Generierung der Ergebnisse in einem Computerpapier erforderlich ist, anderen Forschern zur Verfügung zu stellen, damit sie diesen Code ausführen können, um die Ergebnisse in diesem Papier zu reproduzieren. Ich möchte alle meine Recherchen reproduzierbar machen, stoße aber auf einen Haken: Ein …
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Wie kann die numerische Nichtassoziativität für die parallele Reduktion angegangen werden?
Eine parallele Reduktion setzt voraus, dass die entsprechende Operation assoziativ ist. Diese Annahme wird beim Hinzufügen von Gleitkommazahlen verletzt. Sie könnten fragen, warum mir das wichtig ist. Nun, es macht die Ergebnisse weniger reproduzierbar. Und es wird schlimmer, wenn simuliertes Tempern verwendet wird, um Subroutinen zu optimieren (oder Parameter anzupassen), …
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Was wäre die hilfreichste Methode, um Code für ein Papier zu schreiben, damit die Leser die Ergebnisse eindeutig dem Code zuordnen können, der sie generiert?
Ich schreibe ein reproduzierbares Papier, und das Papier enthält Berechnungsergebnisse, die von einem Python-Skript generiert werden (ein ähnliches MATLAB-Skript generiert nahezu identische Ergebnisse). Ich bin der Meinung, dass das Papier für die Leser leichter zu verstehen wäre, wenn sie die Berechnungen im Papier mit den Berechnungen im Code in Einklang …
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Was sind die Richtlinien für die Durchführung von Computerexperimenten?
Physik, Biologie, Chemie usw. haben unterschiedliche Regeln für die Durchführung von Experimenten: Welche Ereignisse werden als relevant angesehen, wie kann eine Kontamination der Proben vermieden werden, wie kann ein Reproduktionsprozess erstellt und repariert werden und so weiter. Welche Standards, Protokolle und Best Practices gewährleisten die Genauigkeit und Reproduzierbarkeit von numerischen …
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Gibt es Empfehlungen für Unit-Testing-Frameworks, die mit Code / Bibliotheken kompatibel sind, die MPI verwenden?
Normalerweise schreibe ich seriellen Code, und wenn ich das tue, schreibe ich Komponententests mit einem Testframework im xUnit-Stil (MATLAB xUnit, PyUnit / nose oder Googles C ++ - Testframework). Basierend auf einer flüchtigen Google-Suche habe ich nicht viel darüber gesehen, wie Praktiker Unit-Test-Code verwenden, der MPI verwendet. Gibt es dafür …
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Erhöhung der Archivierungslebensdauer von Code
Gibt es eine veröffentlichte Liste bewährter Verfahren zur Gewährleistung der Langlebigkeit von Code mit Blick auf reproduzierbare wissenschaftliche Ergebnisse? (z. B. Open Source, Dokumentationspraktiken, Auswahl von Abhängigkeiten, Auswahl einer Sprache, virtueller Maschinen usw.). Kennen Sie Studien (oder fehlen diese, Beispiele / Anekdoten), die versucht haben, die Halbwertszeit von typischem wissenschaftlichem …
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