Als «computational-chemistry» getaggte Fragen

Der Zweig der Chemie, der sich mit der Verwendung mathematischer Modelle zur Lösung von Problemen in der Chemie befasst.

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Gute Beispiele für „zwei sind einfach, drei sind schwer“ in den Computerwissenschaften
Ich bin kürzlich auf eine Formulierung des Meta-Phänomens gestoßen : " Zwei ist einfach, drei ist schwer " (so formuliert von Federico Poloni), die sich wie folgt beschreiben lässt: Wenn ein bestimmtes Problem für zwei Entitäten formuliert wird, ist es relativ einfach zu lösen. Ein Algorithmus für eine Drei-Entitäten-Formulierung erhöht …
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Wie bestimmt man die Punktgruppe eines Moleküls?
Sie haben es endlich geschafft, herauszufinden, wie die Atome auf Ihrer neu entdeckten molekularen Einheit räumlich angeordnet sind. Mit spektroskopischen Mitteln haben Sie jetzt eine Reihe von Atomkoordinaten, Atomtypen, Bindungslängen, Bindungstypen und so weiter für Ihr Molekül. Sie möchten nun die Punktgruppe (Symmetriegruppe) Ihres Moleküls bestimmen. Für einfache Moleküle wie …
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Umfasst Computational Science Programmierung?
Ich habe in Wikipedia über Computerwissenschaften gelesen, aber mein Verständnis ist nicht sehr klar. Umfasst die Computerwissenschaft das Programmieren? Wie unterschiedlich ist die Computerwissenschaft von der Computerwissenschaft _ ____ , bei der es sich um eine beliebige Disziplin handeln kann (Materialwissenschaften, Ingenieurwissenschaften, Chemie, Biologie usw.)? (Ich werde rechnergestützte Materialwissenschaften betreiben.)
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Wie wird B3LYP in Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro usw. implementiert?
Insbesondere möchte ich die Arbeit mit B3LYP erweitern, die mit Gaussian 03 begann, aber mit GAMESS-US fortgesetzt wurde. Die von den Standard-B3LYP-Methoden bereitgestellten Energien sind nicht dieselben. Im Handbuch zu GAMESS-US (Abschnitt Weitere Informationen) wird darüber diskutiert: Beachten Sie, dass B3LYP in GAMESS teilweise auf der VWN5-Elektronengaskorrelationsfunktion basiert. Da es …
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Wie kann man die "Comic" -Darstellung von Proteinen mathematisch beschreiben?
Proteine ​​werden typischerweise in Comicform dargestellt, wobei β-Faltblätter als Pfeile und α-Helices als Spulen dienen: Ich frage mich, gibt es irgendwo einen Hinweis, der die Konstruktion dieser Darstellung beschreibt? Das heißt, welche mathematischen Objekte werden verwendet, um diese Grafiken zu konstruieren, und auf welchen Atomen / Richtungen werden sie aufgebaut?
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Erstellen eines molekularen Editors / Visualisierers: Objektorientierte Programmierung, Datenstrukturen und Moleküle
Ich bin neu in der Programmierung und ich versuche mein erstes großes Problem zu lösen und mein erstes großes Programm zu schreiben. Ich habe nach Open-Source-Beispielen für Code gesucht, von denen ich lernen kann, aber bisher nur Code in Sprachen gefunden, die ich nicht vollständig verstehe oder die verwandte, aber …
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Aufzählung von Graphen aus Delaunay-Tessellationen in 3D
Gibt es einen Algorithmus, der die Graphen auflistet, die einer Delaunay-Tessellation von Punkten in 3D entsprechen? Wenn ja, gibt es eine effiziente Parametrisierung von Geometrien, die einem "Delaunay-Graphen" entsprechen? Ich versuche, systematisch alle stabilen Geometrien von Molekülen einer bestimmten Zusammensetzung ohne vorherige Kenntnis der Bindung usw. aufzulisten. BEARBEITEN: Sei die …
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Warum führt das iterative Lösen der Hartree-Fock-Gleichungen zur Konvergenz?
In der selbstkonsistenten Hartree-Fock-Feldmethode zur Lösung der zeitunabhängigen elektronischen Schrödinger-Gleichung versuchen wir, die Grundzustandsenergie eines Elektronensystems in einem externen Feld in Bezug auf die Wahl der Spinorbitale zu minimieren. { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Wir tun dies , indem iterativ die 1-Elektronen Hartree-Fock - Gleichungen zu f i χ ( …
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Matlab-Lösung für implizite Finite-Differenzen-Wärmegleichung mit kinetischen Reaktionen
Ich versuche, die Wärmeleitung innerhalb eines Holzzylinders mit impliziten Finite-Differenzen-Methoden zu modellieren. Die allgemeine Wärmegleichung, die ich für zylindrische und sphärische Formen verwende, lautet: Wobei p der Formfaktor ist, p = 1 für den Zylinder und p = 2 für die Kugel. Randbedingungen umfassen Konvektion an der Oberfläche. Weitere Informationen …
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