Welche Open Source-Tools stehen zur Visualisierung molekularer Schwingungen zur Verfügung?

Ich möchte eine molekulare Schwingung visualisieren, die kein normaler Modus ist. Ich möchte eine statische, vektorielle Darstellung der Bewegung präsentieren und möchte eine gewisse Flexibilität im Vektorstil (Größe, Farbe usw.). Ich bin auch daran interessiert, ein Video der Vibration zu produzieren.

Was sind einige gute Ressourcen für die Anzeige molekularer Schwingungen?

Ich bevorzuge Open Source-Tools, aber ich werde kommerzielle Software verwenden, wenn sie wirklich besser ist als die Alternativen.

Wäre Pymol oder VMD ein geeignetes Tool für Ihre Videoanforderungen ? (VMD enthält mindestens Tk / Tcl-Skriptfunktionen.) Sie benötigen eine PDB-ähnliche Beschreibung Ihrer Geometrie, um VMD verwenden zu können. Dies würde wahrscheinlich auch für Pymol ausreichen (aber ich habe Pymol nicht verwendet, also kann vielleicht jemand anderes dies kommentieren).

Die Art und Weise, wie ich es tun würde, wäre wahrscheinlich:

1. Setzen Sie die Molekülgeometrie in Avogadro ein
2. Richten Sie die Ansicht so ein, wie ich es möchte
3. In POVRay exportieren , nicht rendern, sondern die Eingabedatei behalten
4. Berechnen Sie in der POVRay-Datei, welches Atom welches ist
5. Hinzufügen von Vektoren mithilfe von Zylindern und Kegeln (wahrscheinlich mithilfe eines Makros, um einen Vektor zu definieren, um ihn einfacher und visuell konsistenter zu machen)

Avogadro kann auch Sequenzen von XYZ-formatierten Eingaben in Animationen mit POVRay und ffmpeg rendern, aber ich habe es nicht versucht, da ich momentan Windows verwende und Avogadro anscheinend keine Option hat, anzugeben, wo die ausführbare Datei des Povrays ist ist, wenn es nicht in deinem Weg ist.

Je nachdem, ob Sie ein Python-Fan sind oder nicht, können Sie alternativ die Kräfte auf die Atome mithilfe der Avogadro Python-Konsole einstellen und dann die Kraftvektoranzeige in Avogadro verwenden, aber das habe ich auch nicht versucht.

Mir ist kein perfektes Werkzeug bekannt, mit dem Sie Schwingungsparameter direkt eingeben und visualisieren oder animieren können.

Es gibt ein neues VMD-Plugin NMWiz , das hilfreich sein könnte. NMWiz steht für Normal Mode Wizard, hilft jedoch bei der Visualisierung aller Vektoren, die eine Vibration beschreiben. NMWiz ist in der neuesten Version von VMD, 1.9.1, verfügbar, die derzeit im Beta-Test ist.

Das Eingabedateiformat für NMWiz ist einfach und wird als NMD bezeichnet . Eine Linie für Koordinaten und eine andere Linie für Ihren Vektor ist ausreichend. Sie können Pfeile anzeigen, skalieren, die Größe ändern und sie nach Ihren Wünschen einfärben. Es kann auch Animationen (Vibrationen) erzeugen, indem eine Flugbahn im laufenden Betrieb erzeugt wird, und Sie können daraus mit VMD einen qualitativ hochwertigen Film erstellen.

Mir ist kein fertiges Tool ("Zeigen und Klicken") für diese Aufgabe bekannt. Aber mit einer Kombination von

1. Ein kurzes Python-Skript
2. Das Molecular Modeling Toolkit
3. Chimäre oder VMD

Mit etwas Python-Wissen können Sie schnell ein gutes Ergebnis erzielen. Tatsächlich wird mit dem Molecular Modeling Toolkit ein sehr ähnliches Skript als Beispiel bereitgestellt. Schauen Sie sich Beispiele / Visualisierung / vector_field_chimera.py oder Beispiele / Visualisierung / vector_field_vmd.py an. Sie müssen die Normalmodusberechnung durch alles ersetzen, was erforderlich ist, um Ihre Schwingungsdaten in das Skript zu übertragen.

Hast du dir Molekel angesehen ? Wenn Sie nur (nicht gebrochene) Überlagerungen von Schwingungen benötigen, sollte Molekel Ihre Anforderungen erfüllen.

NWChem enthält ein Skript, mit dem eine Liste von xyz-Koordinaten in einen Film umgewandelt werden kann. NWChem ist OSS unter einer Apache-Lizenz, sodass Sie es nach Belieben wiederverwenden können.

Zur Visualisierung molekularer Schwingungen verwende ich Molden, ECCE, Avogadro und Jmol. Alle sind OSS (ECCE ist erst vor kurzem). Möglicherweise können Sie sie hacken, um das zu tun, was Sie wollen.