Als «computational-biology» getaggte Fragen

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Analysieren von Proteinstrukturdaten in C
Mein Hintergrund liegt in der Genomik, aber ich habe kürzlich mit Problemen im Zusammenhang mit der Proteinstruktur gearbeitet. Ich habe einige relevante Programme in C geschrieben und dabei meinen eigenen PDB-Datei-Parser von Grund auf neu erstellt. Ich habe mir keine Gedanken darüber gemacht, einen wirklich robusten Parser zu erstellen. Ich …
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Best Practices zur Beschreibung von agentenbasierten Modellen
Ich arbeite ziemlich stark in der mathematischen Biologie / Epidemiologie, wo der Großteil der Modellierungs- / Computerwissenschaftsarbeit immer noch von Sätzen von ODEs dominiert wird, zugegebenermaßen manchmal ziemlich ausgefeilten Sätzen von ihnen. Ein Pluspunkt dieser Modelle ist, dass sie sich recht einfach beschreiben und nachbilden lassen. Eine Tabelle mit Parameterwerten …
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Wie man ein gutes Netz in einem biologisch genauen Modell mit sehr kleinen Domänen erstellt
Ich habe versucht, ein biologisch genaues räumliches 2D-Modell von Gewebeschichten zu erstellen, in dem verschiedene physiologische Prozesse ablaufen. Dies umfasst hauptsächlich chemische Reaktionen, Diffusion und Flüsse über Grenzen hinweg. Ich mache dieses Modell in COMSOL Multiphysics, einem Finite-Elemente-Softwarepaket, das verschiedene physikalische Verfahren wie Reaktionsdiffusionssysteme löst, obwohl dies für meine Frage …
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