Unix & Linux bioinformatics

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Wie werden zwei Dateien basierend auf der Übereinstimmung von zwei Spalten zusammengeführt?

Ich habe file1 mag: 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 Und eine Datei2: 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 Und möchte eine Datei3 so, dass: 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA …

33 text-processing awk join bioinformatics

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Ausführen eines Befehls für viele Dateien

Ich habe einen Ordner mit vielen Dateien (xyz1, xyz2, bis zu xyz5025) und muss auf jedem ein Skript ausführen, um xyz1.faa, xyz2.faa usw. als Ausgabe zu erhalten. Der Befehl für eine einzelne Datei lautet: ./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11 Gibt es eine Möglichkeit, das automatisch zu tun? Vielleicht eine For-Do-Combo?

19 shell-script text-processing files scripting bioinformatics

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Beste Linux-Distribution für wissenschaftliches Rechnen? [geschlossen]

Aus heutiger Sicht passt diese Frage nicht zu unserem Q & A-Format. Wir erwarten, dass die Antworten durch Fakten, Referenzen oder Fachwissen gestützt werden, aber diese Frage wird wahrscheinlich Debatten, Argumente, Abstimmungen oder erweiterte Diskussionen hervorrufen. Wenn Sie der Meinung sind, dass diese Frage verbessert und möglicherweise erneut geöffnet werden …

19 linux distribution-choice bioinformatics

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Wie zähle ich die Anzahl der Zeichen in einer Zeile mit Ausnahme eines bestimmten Zeichens?

Dies ist eine Teiledatei N W N N N N N N N N N N C N N N N N N N N N N A N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N G …

9 text-processing bioinformatics

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Entfernen von Zeilen mit NA in jeder Spalte

Ich habe eine durch Tabulatoren getrennte Datei, die folgendermaßen aussieht: gene v1 v2 v3 v4 g1 NA NA NA NA g2 NA NA 2 3 g3 NA NA NA NA g4 1 2 3 2 Die Anzahl der Felder in jeder Zeile ist fest und gleich. Ich möchte diese Zeilen …

8 text-processing awk perl bioinformatics

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Suchen Sie eine Zeile in VI, die etwas anderes als ATCG enthält

Ich habe eine Datei mit Genomdaten, die ungefähr 5 Millionen Zeilen lang ist und nur die Zeichen A, T, C und G enthalten sollte. Das Problem ist, ich weiß, wie groß die Datei sein sollte, aber sie ist etwas größer. Das heißt, bei einer Analyse ist ein Fehler aufgetreten, oder …

7 linux text-processing vi bioinformatics

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Wie füge ich zwei Dateien mit unterschiedlicher Anzahl von Zeilen in der Shell zusammen?

Ich habe Datei1 wie folgt: CHR SNP TEST A1 A2 GENO O(HET) E(HET) P 0 AFFX-SNP-000541 ALL 0 0 0/0/0 nan nan 1 0 AFFX-SNP-000541 AFF 0 0 0/0/0 nan nan NA 0 AFFX-SNP-000541 UNAFF 0 0 0/0/0 nan nan NA 0 AFFX-SNP-002255 ALL 0 0 0/0/0 nan nan 1 …

7 shell terminal join bioinformatics

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