Unix & Linux join

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Wie werden zwei Dateien basierend auf der Übereinstimmung von zwei Spalten zusammengeführt?

Ich habe file1 mag: 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 Und eine Datei2: 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 Und möchte eine Datei3 so, dass: 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA …

33 text-processing awk join bioinformatics

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join: "Datei 2 nicht in sortierter Reihenfolge"

Ich habe zwei Dateien _jeter3.txt und _jeter1.txt Ich habe überprüft, ob beide nach der 20. Spalte sortiert sind sort -c sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter3.txt sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter1.txt #no errors aber es gibt einen Fehler, wenn ich zu joinbeiden Dateien möchte, heißt es, dass …

12 sort join

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Verbinden Sie zwei Dateien mit übereinstimmenden Spalten

File1.txt id No gi|371443199|gb|JH556661.1| 7907290 gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913 gi|371443197|gb|JH556663.1| 7384412 gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777 File2.txt id P R S gi|367088741|gb|AGAJ01056324.1| 5 5 0 gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 gi|367090281|gb|AGAJ01054784.1| 4 4 0 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 output.txt id P R S NO gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777 File1.txt hat …

11 awk join

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Vergleichen Sie zwei Dateien mit der ersten Spalte und entfernen Sie doppelte Zeilen aus der zweiten Datei im Shell-Skript

Ich werde meine Frage anhand eines Beispiels stellen. Ich habe 2 Dateien: Datei 1: 118D FC300_R5_TP FX.B 32775 2112 6 2038 6 2112 0 118E FC300_R5_TP FX.B 32775 2136 7 2065 6 2136 0 118F FC300_R5_TP FX.B 32775 2124 6 2064 6 2124 0 1190 FC300_R5_TP FX.B 819210 814632 99 …

9 shell-script text-processing awk join

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Verbinden von zwei Dateien mit eindeutiger Kennung

Ich habe zwei Dateien mit ungefähr 12900 bzw. 4400 Einträgen, denen ich beitreten möchte. Die Dateien enthalten Standortinformationen für alle landgestützten Wetterbeobachtungsstationen auf der ganzen Welt. Die größte Datei wird alle zwei Wochen aktualisiert, die kleinere etwa einmal im Jahr. Die Originaldateien finden Sie hier ( http://www.wmo.int/pages/prog/www/ois/volume-a/vola-home.htm und http://weather.rap.ucar.edu/surface/). Stationen.txt …

9 shell-script text-processing awk columns join

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Verbinden Sie mehrere Zeilen basierend auf Spalte1

Ich habe eine Datei wie unten .. abc, 12345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 56345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 15475 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 123345 def, text …

8 text-processing command-line awk join merge

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Ein Shell-Skript zum Verbinden von zwei Dateien

Ich möchte eine schreiben shell script, die zwei Dateien Aund Bund ein Ergebnis wie dieses erhalten: Datei A: user_a tel_a addr_a user_b tel_b addr_b Datei B: process_1 user_a process_2 user_a process_3 user_b Und das Ergebnis: user_a process_1 tel_a addr_a user_a process_2 tel_a addr_a user_b process_3 tel_b addr_b Wie kann ich …

8 text-processing awk join

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Abgleichen und Einfügen in die Linie

Ich habe also 2 sehr große Textdateien, die aus folgenden Zeilen bestehen: Zuerst: Robert:Dillain:Other:Other:Other Julian:Brude:Other:Other:Other Megan:Flikk:Other:Other:Other Samantha:Minot:Other:Other:Other Jesus:Kimmel:Other:Other:Other Zweite: Sb:Minot:amsen Jbb:Kimmel:verlin R:Dillain:bodent Mb:Flikk:kentin Jb:Brude:kemin Ich möchte sie beide durch die zweite Spalte (Dillain, Brude usw.) abgleichen und sie in Zeilen wie folgt einfügen: AUSGABE: Robert:Dillain:Other:Other:Other:R:Dillain:bodent Jesus:Kimmel:Other:Other:Other:Jbb:Kimmel:verlin Samantha:Minot:Other:Other:Other:Sb:Minot:amsen etc... etc... Ich …

7 sed awk join

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Wie füge ich zwei Dateien mit unterschiedlicher Anzahl von Zeilen in der Shell zusammen?

Ich habe Datei1 wie folgt: CHR SNP TEST A1 A2 GENO O(HET) E(HET) P 0 AFFX-SNP-000541 ALL 0 0 0/0/0 nan nan 1 0 AFFX-SNP-000541 AFF 0 0 0/0/0 nan nan NA 0 AFFX-SNP-000541 UNAFF 0 0 0/0/0 nan nan NA 0 AFFX-SNP-002255 ALL 0 0 0/0/0 nan nan 1 …

7 shell terminal join bioinformatics

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Verbinden Sie zwei Dateien, die in einer Spalte übereinstimmen, mit Wiederholungen

Wie kann ich zwei Dateien A und B erhalten und ein Ergebnis wie das folgende ausgeben: Datei A: 001 Apple, CA 020 Banana, CN 023 Apple, LA 045 Orange, TT 101 Orange, OS 200 Kiwi, AA Datei B: 01-Dec-2013 01.664 001 AAA CAC 1083 01-Dec-2013 01.664 020 AAA CAC 0513 …

7 shell-script text-processing join

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Schnittpunkt zweier Dateien gemäß der ersten Spalte

Ich habe zwei Dateien in Datei A, es gibt Sequenznummern in der anderen Datei B, es gibt viele Spalten und die erste Spalte enthält Sequenznummern. Ich möchte eine Datei mit allen Zeilen in B mit den Sequenznummern erhalten, die sich in befinden das A wie kann ich das erreichen? Vielen …

7 shell text-processing scripting columns join

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Eine alte und eine neue Datei vergleichen, aber Zeilen ignorieren, die nur in einer neuen Datei vorhanden sind?

Ich habe zwei Dateien: oldlist- Diese enthält eine Liste von Dateien und einen MD5-Hash für jede Datei. Dies wurde vor einem Jahr generiert. newlist- Dies enthält auch eine Liste von Dateien und einen MD5-Hash für jede Datei. Einige Dateien wurden jedoch geändert (z. B. der MD5-Hash ist anders), und einige …

7 text-processing diff join file-comparison

Als «join» getaggte Fragen