Null-aufgeblasenes negatives Binomial-Mischeffekt-Modell in R


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Gibt es ein solches Paket, das eine Null-Inflation-Modellschätzung für negative Binomial-Mixed-Effects in R vorsieht?

Damit meine ich:

  • Null-Inflation, bei der Sie das Binomialmodell für die Null-Inflation angeben können, wie in der Funktion zeroinfl im Paket pscl:

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    wobei Z die Formel für das Nullinflationsmodell ist;

  • Negative Binomialverteilung für den Zählteil des Modells;

  • Zufällige Effekte angegeben ähnlich wie in Funktion lmer des Pakets lme4.

Ich verstehe, dass glmmADMB all das kann, außer dass die Formel für die Null-Inflation nicht spezifiziert werden kann (es ist nur ein Abschnitt, dh Z ist nur 1). Aber gibt es noch andere Pakete, die das alles können?

Ich werde für Ihre Hilfe sehr dankbar sein!


Ich suche das Gleiche. Ich denke, glmmADMB ist das, was ich will, aber ich kann es nicht zum Laufen bringen.
Gregmacfarlane

Ich frage mich , ob die ZIM oder AOD - Pakete können tun , was Sie tun wollen?
Graeme Walsh

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Als Update unterstützt das glmmTMB- Paket von Ben Bolker ein nicht aufgeblasenes generalisiertes lineares gemischtes Modell (ZIGLMM).
JWilliman

Antworten:


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Ich denke, das ist das Paket, das Sie brauchen: glmmADMB. Ich habe es hier heruntergeladen: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Aber ich hatte immer noch einige Probleme, um es zum Laufen zu bringen, also habe ich die Anweisungen in diesem Link befolgt und jetzt funktioniert es einwandfrei http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Hoffe das hilft!


Beachten Sie, dass dieses Paket nur die Anpassung eines konstanten Terms für den Null-Inflations-Teil des Modells ermöglicht.
user2390246

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Das pscl- Paket bietet ein Poisson-Modell ohne Luftdruck . Ich glaube nicht, dass es ein negatives Binomialmodell geben kann, aber es könnte ein Anfang sein. Der verlinkte JSS-Artikel beschreibt auch verwandte Pakete, die Sie zu dem führen können, wonach Sie suchen.


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Das pscl-Paket erlaubt (jetzt) ​​negative Binomialmodelle mitzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246

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Je nachdem, was Sie versuchen, sollten Sie sich das Aster-Paket ansehen . Aster-Modelle ermöglichen die gemeinsame Analyse mehrerer Variablen mit unterschiedlichen Wahrscheinlichkeitsverteilungen und wurden kürzlich aktualisiert, um zufällige Effekte zu berücksichtigen . Sie wurden für die Analyse der Lebensgeschichte entwickelt und funktionieren in Situationen, in denen Sie Ihre Reaktion in verschiedene Teile mit unterschiedlichen Verteilungen aufteilen können (z. B. Überleben = Bernoulli, Reproduktion = Poisson). Sie können mit "Zero-Inflation" umgehen, indem sie die Mehrheit der Nullen als Bernoulli und den Rest der Antwort als negatives Binomial modellieren.

Hier finden Sie zahlreiche Dokumentationen:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

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