Als «software» getaggte Fragen

Fragen zu Bibliotheken und eigenständiger Software, die für wissenschaftliche oder numerische Berechnungen entwickelt oder gut geeignet sind.

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Was ist der beste Weg, um reproduzierbare Nachforschungen anzustellen, wenn Sie proprietäre Bibliotheken benötigen?
Reproduzierbare Berechnungsforschung zielt darauf ab, den Code, der zur Generierung der Ergebnisse in einem Computerpapier erforderlich ist, anderen Forschern zur Verfügung zu stellen, damit sie diesen Code ausführen können, um die Ergebnisse in diesem Papier zu reproduzieren. Ich möchte alle meine Recherchen reproduzierbar machen, stoße aber auf einen Haken: Ein …
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Wie schreibe ich dimensionsunabhängigen Code?
Oft schreibe ich sehr ähnlichen Code für ein-, zwei- und dreidimensionale Versionen einer bestimmten Operation / eines Algorithmus. Das Verwalten all dieser Versionen kann mühsam werden. Einfache Code-Generierung funktioniert ziemlich gut, aber es scheint, als gäbe es einen besseren Weg. Gibt es eine relativ einfache Möglichkeit, eine Operation einmal zu …
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Stand von Mac OS in Scientific Computing und HPC
In den Anfängen von OS X schien es zumindest in der Mac-Welt (ich war zu dieser Zeit noch weit entfernt vom wissenschaftlichen Rechnen) viel Trubel um Mac OS als Plattform für wissenschaftliches Rechnen und HPC-Anwendungen zu geben. XGrid war sofort einsatzbereit, Virginia Tech hatte ein ausgefallenes Mac-basiertes Computer-Cluster, Stanford machte …
17 software  hpc 
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Gibt es einen guten, benutzerfreundlichen und hochwertigen Open-Source-CFD-Solver?
Meine Dissertation beschäftigt sich mit der Entwicklung numerischer Methoden zur Modellreduktion in der Verbrennung. Ich verwende meine Methoden ausschließlich für den chemischen Teil von Verbrennungssimulationen und habe viele Fallstudien für 0-D-Simulationen (keine Strömung). Was ich möchte, ist, Simulationen auszuführen, in denen ein Fluss vorliegt, vorzugsweise 2-D- oder 3-D-Simulationen. Diese Simulationen …
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Was sind die Best Practices für Algorithmen und die Implementierung von Multi-Physik-Simulationen?
Die Multi-Physik-Simulation beinhaltet die Kopplung mehrerer "Physiken", oft mit unterschiedlichen Raum- und / oder Zeitskalen. Zusätzlich werden die Einzelphysik-Codes oft von verschiedenen Teams geschrieben. Die am häufigsten verwendete Kopplungstechnik ist das Aufteilen von Operatoren erster Ordnung, dies weist jedoch schlechte Genauigkeits- und Stabilitätseigenschaften auf. Wie bestimme ich, welche Algorithmen für …
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Was wäre die hilfreichste Methode, um Code für ein Papier zu schreiben, damit die Leser die Ergebnisse eindeutig dem Code zuordnen können, der sie generiert?
Ich schreibe ein reproduzierbares Papier, und das Papier enthält Berechnungsergebnisse, die von einem Python-Skript generiert werden (ein ähnliches MATLAB-Skript generiert nahezu identische Ergebnisse). Ich bin der Meinung, dass das Papier für die Leser leichter zu verstehen wäre, wenn sie die Berechnungen im Papier mit den Berechnungen im Code in Einklang …
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Was ist die schnellste Software (Open Source), um ein Problem mit der Programmierung von gemischten Ganzzahlen zu lösen?
Ich habe ein gemischtes Integer-Programmierproblem. Und ich verwende derzeit GLPK als meinen Löser. Aber ich fand, dass GLPK für das lineare Programmierproblem gut ist, aber für die gemischte Ganzzahl-Programmierung benötigt es viel mehr Zeit und entspricht daher nicht unseren Anforderungen. Ich suche so andere Software. Gibt es noch andere gute …
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Inwieweit sollte wissenschaftliche Software optimiert werden?
Bei Anwendungen, die erhebliche Rechenressourcen erfordern, kann eine hohe Leistung ein entscheidender Faktor sein, wenn es darum geht, wissenschaftliche Ergebnisse zu liefern oder in angemessener Zeit "Durchbrüche" zu erzielen. Wie viel Zeit und Aufwand sollten Softwareentwickler in die Optimierung einer Anwendung investieren? Was sind die wichtigsten Kriterien?
13 software  hpc 
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Auf der Suche nach Open Source-Projekten, zu denen Sie beitragen können
Diese Frage wurde ein gefragt Milliarden Mal jedoch auf Stackoverflow hat sich der Fokus auf nicht-numerischen Codierung immer. Ich bin auf der Suche nach einem Projekt, an dem ich im Rahmen von Numerical Computing und High Performance Computing mitarbeiten kann. Ich würde im Idealfall ein kleines Projekt vorziehen, aber das …
13 software 
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Wie sollen Fehler in wissenschaftlichen Bibliotheken gemeldet werden?
In verschiedenen Disziplinen der Softwareentwicklung gibt es viele Philosophien darüber, wie Bibliotheken mit Fehlern oder anderen außergewöhnlichen Bedingungen umgehen sollen. Einige von denen, die ich gesehen habe: Gibt einen Fehlercode mit dem Ergebnis zurück, das von einem Zeigerargument zurückgegeben wird. Dies ist, was PETSc tut. Rückgabe von Fehlern durch einen …
11 software 
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Gefahr komplexer Arithmetik im wissenschaftlichen Rechnen
Das komplexe innere Produkt hat zwei verschiedene Definitionen, die durch Konventionen festgelegt werden: oder . In BLAS habe ich die Routinen cdotu, zdotu und cdotc, zdotc gefunden. Die beiden ersteren Routinen berechnen tatsächlich (ein falsches inneres Produkt!) Und die letzten beiden Routinen konjugieren den ersten Vektor im inneren Produkt. Nach …
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Erhöhung der Archivierungslebensdauer von Code
Gibt es eine veröffentlichte Liste bewährter Verfahren zur Gewährleistung der Langlebigkeit von Code mit Blick auf reproduzierbare wissenschaftliche Ergebnisse? (z. B. Open Source, Dokumentationspraktiken, Auswahl von Abhängigkeiten, Auswahl einer Sprache, virtueller Maschinen usw.). Kennen Sie Studien (oder fehlen diese, Beispiele / Anekdoten), die versucht haben, die Halbwertszeit von typischem wissenschaftlichem …
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Wie interagiert die ACM-Softwarelizenzvereinbarung für bei ACM TOMS eingereichte Software mit anderen Lizenzen?
Die Zeitschrift Association for Computing Machinery Transactions on Mathematical Software (ACM TOMS) veröffentlicht zahlreiche Artikel zu numerischen Algorithmen, die Software-Implementierungen enthalten. Gemäß ihrer redaktionellen Richtlinie enthält die Einreichung eines Algorithmuspapiers den Quellcode für eine Implementierung des in diesem Papier beschriebenen Algorithmus. Dieser Quellcode unterliegt der Copyright- und Lizenzvereinbarung der ACM-Software …
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Aufgabenbasierte Parallelbibliotheken mit gemeinsamem Speicher in Scientific Computing
In den letzten Jahren sind mehrere Bibliotheken / Softwareprojekte erschienen, die die eine oder andere Form der datengesteuerten Parallelität für gemeinsam genutzten Speicher für allgemeine Zwecke bieten. Die Hauptidee ist, dass Programmierer ihre Algorithmen nicht als explizit getunten Code schreiben, sondern als voneinander abhängige Aufgaben implementieren, die dann von einer …
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