Setzen von Include-Pfaden in LSF-bsub

Ich habe einen großen Job auf einem HPC. Die installierten Programme für den Job sind jedoch alte Versionen und ich habe die neuen Versionen in meinem Home-Verzeichnis. Ich kann mich an jedem Knoten anmelden und den Pfad mit den neuen Versionen exportieren export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH. Ich bin mir jedoch nicht sicher, ob ich den Pfad in meine Login-Shell exportiere und einen Job mit übergebe bsubDann wird der neu exportierte Pfad von allen Knoten verwendet, die den Job ausführen.

Ich kann diese Dateien in eines der Standard-Include-Verzeichnisse kopieren, aber mein Sysadmin ist nicht sehr darauf aus, dies bald für mich zu tun .

Wie exportiere ich den Pfad jetzt am besten zu allen Knoten? Kann ich mit dem Exportbefehl + dem Jobbefehl ein Shellskript schreiben und dieses Skript an bsub übergeben?

Wie exportiere ich den Pfad jetzt am besten zu allen Knoten? Kann ich schreiben?   ein Shellskript mit dem Exportbefehl + dem Jobbefehl und übergeben Sie diesen   Skript zu bsub?

Ja. Schreiben Sie ein Skript (sagen Sie seinen Namen) myscript ) dass beide den PATH setzen und dann Ihr Programm starten. Dann übergeben Sie Ihren Job mit der Befehlszeile bsub myscript. Ihre lokale Installation wird anstelle der Systeminstallation verwendet.

Eine noch einfachere Option setzt LSF die Umgebungsvariablen der Übergabeumgebung in die Ausführungsumgebung, einschließlich PATH.

[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <217> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

Aktualisieren Sie jetzt Ihren Pfad, sodass er die lokale Installation Ihres Programms enthält.

[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <218> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin