Beenden Sie das Programm, nachdem es eine bestimmte Zeile aus einem Shell-Skript ausgegeben hat

Hintergrund:

Ich schreibe ein Testskript für eine Computational Biology-Software. Die Ausführung der Software, die ich teste, kann Tage oder sogar Wochen dauern, sodass bei Systemabstürzen oder Stromausfällen eine Wiederherstellungsfunktion integriert ist.

Ich versuche herauszufinden, wie das Wiederherstellungssystem getestet werden kann. Insbesondere kann ich keine Möglichkeit finden, das Programm auf kontrollierte Weise "zum Absturz zu bringen". Ich dachte daran, eine SIGKILL-Anweisung so zu planen, dass sie nach einiger Zeit ausgeführt wird. Dies ist wahrscheinlich nicht ideal, da nicht garantiert wird, dass der Testfall jedes Mal dieselbe Geschwindigkeit ausführt (er wird in einer gemeinsam genutzten Umgebung ausgeführt), sodass ein Vergleich der Protokolle mit der gewünschten Ausgabe schwierig wäre.

Diese Software druckt für jeden abgeschlossenen Analyseabschnitt eine Zeile.

Frage:

Ich habe mich gefragt, ob es eine gute / elegante Möglichkeit (in einem Shell-Skript) gibt, die Ausgabe eines Programms zu erfassen und das Programm dann zu beenden, wenn eine bestimmte Zeile / Anzahl von Zeilen vom Programm ausgegeben wird.

Ein Wrapper-Skript wie dieses ist ein Standardansatz. Das Skript führt das Programm im Hintergrund aus und wiederholt dann die Protokolldatei jede Minute auf Zeichenfolgen. Wenn die Zeichenfolge gefunden wird, wird das Hintergrundprogramm beendet und das Skript beendet.

command="prog -foo -whatever"
log="prog.log"
match="this is the what i want to match"

$command > "$log" 2>&1 &
pid=$!

while sleep 60
do
    if fgrep --quiet "$match" "$log"
    then
        kill $pid
        exit 0
    fi
done

Wenn Ihr Programm auf SIGPIPE beendet wird (dies ist die Standardaktion), sollte es ausreichen, die Ausgabe in einen Reader zu leiten, der beim Lesen dieser Zeile beendet wird.

So könnte es so einfach sein wie

$ program | sed -e '/Suitable text from the line/q'

Wenn Sie die Standardausgabe unterdrücken möchten, verwenden Sie

$ program | sed -n -e '/Suitable text from the line/q'

Ebenso könnte man, wenn man nach einer bestimmten Anzahl von Zeilen anhalten möchte, den Kopf anstelle von sed verwenden, z

$ program | head -n$NUMBER_OF_LINES_TO_STOP_AFTER

Der genaue Zeitpunkt der , an dem die Abtötung tritt nicht auf dem Pufferung Verhalten des Terminals wie stardt schlägt vor , in den Kommentaren ab.

Alternativ zur Antwort von dmckee kann auch der grepBefehl mit der -mOption (siehe z. B. diese Manpage ) verwendet werden:

compbio | grep -m 1 "Text to match"

zu stoppen, wenn 1 Zeile gefunden wird, die mit dem Text übereinstimmt oder

compbio | grep -v -m 10 "Text to match"

auf 10 Zeilen warten, die nicht mit dem angegebenen Text übereinstimmen.

Sie können damit die expect(1)Standardausgabe eines Programms beobachten und dann vordefinierte Aktionen für einige Muster ausführen.

#!/usr/bin/env expect

spawn your-program -foo -bar 
expect "I want this text" { close }

Oder ein Einzeiler zum Einbetten in ein anderes Skript:

expect -c "spawn your-program -foo -bar; expect \"I want this text\" { close }"

Beachten Sie, dass der expectBefehl nicht standardmäßig mit jedem Betriebssystem geliefert wird. Möglicherweise müssen Sie es installieren.

Sie könnten eine "while" -Anweisung verwenden:

Sie müssen die Ausgabe Ihrer Software (oder ihrer Protokolle) weiterleiten und dann für jede neue Zeile einen bedingten Test durchführen und dann kill -KILL ausführen. Zum Beispiel (ich habe mit / var / log / messages als Protokolldatei getestet):

tail -f /var/log/messages | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

Oder direkt mit der Software:

./biosoftware | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

Sie müssen den Protokollpfad / Anwendungsnamen, die übereinstimmende Zeile und die zu tötende PID ersetzen (Sie können auch killall verwenden).

Viel Glück mit Ihrer Software,

Hugo,