Ich würde gerne einen TukeyHSD-Post-Hoc-Test nach meiner Zwei-Wege-Anova mit R durchführen und eine Tabelle mit den sortierten Paaren erhalten, die nach signifikanten Unterschieden gruppiert sind. (Entschuldigung für die Formulierung, ich bin noch neu mit Statistiken.)
Ich hätte gerne so etwas:
Also gruppiert mit Sternen oder Buchstaben.
Irgendeine Idee? Ich habe die Funktion HSD.test()aus dem agricolaePaket getestet , aber es scheint, dass sie keine bidirektionalen Tabellen verarbeitet.
Antworten:
Die agricolae::HSD.testFunktion macht genau das, aber Sie müssen es wissen lassen, dass Sie an einem Interaktionsbegriff interessiert sind . Hier ist ein Beispiel mit einem Stata-Datensatz:
library(foreign)
yield <- read.dta("http://www.stata-press.com/data/r12/yield.dta")
tx <- with(yield, interaction(fertilizer, irrigation))
amod <- aov(yield ~ tx, data=yield)
library(agricolae)
HSD.test(amod, "tx", group=TRUE)Dies ergibt die unten gezeigten Ergebnisse:
Groups, Treatments and means
a 2.1 51.17547
ab 4.1 50.7529
abc 3.1 47.36229
bcd 1.1 45.81229
cd 5.1 44.55313
de 4.0 41.81757
ef 2.0 38.79482
ef 1.0 36.91257
f 3.0 36.34383
f 5.0 35.69507 Sie stimmen mit dem überein, was wir mit den folgenden Befehlen erhalten würden:
. webuse yield
. regress yield fertilizer##irrigation
. pwcompare fertilizer#irrigation, group mcompare(tukey)
-------------------------------------------------------
| Tukey
| Margin Std. Err. Groups
----------------------+--------------------------------
fertilizer#irrigation |
1 0 | 36.91257 1.116571 AB
1 1 | 45.81229 1.116571 CDE
2 0 | 38.79482 1.116571 AB
2 1 | 51.17547 1.116571 F
3 0 | 36.34383 1.116571 A
3 1 | 47.36229 1.116571 DEF
4 0 | 41.81757 1.116571 BC
4 1 | 50.7529 1.116571 EF
5 0 | 35.69507 1.116571 A
5 1 | 44.55313 1.116571 CD
-------------------------------------------------------
Note: Margins sharing a letter in the group label are
not significantly different at the 5% level.Das Multcomp- Paket bietet auch eine symbolische Visualisierung ('kompakte Buchstabenanzeigen', siehe Algorithmen für kompakte Buchstabenanzeigen: Vergleich und Auswertung für weitere Einzelheiten) von signifikanten paarweisen Vergleichen, obwohl sie nicht in tabellarischer Form dargestellt werden. Es verfügt jedoch über eine Plotmethode, mit der die Ergebnisse mithilfe von Boxplots bequem angezeigt werden können. Die Präsentationsreihenfolge kann ebenfalls geändert werden (Option decreasing=), und es stehen viel mehr Optionen für mehrere Vergleiche zur Verfügung. Es gibt auch das multcompView- Paket, das diese Funktionen erweitert.
Hier ist das gleiche Beispiel analysiert mit glht:
library(multcomp)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tx = "Tukey"))
summary(tuk) # standard display
tuk.cld <- cld(tuk) # letter-based display
opar <- par(mai=c(1,1,1.5,1))
plot(tuk.cld)
par(opar)Behandlungen, die denselben Buchstaben haben, unterscheiden sich auf der gewählten Ebene nicht signifikant (Standard: 5%).
Übrigens gibt es ein neues Projekt, das derzeit auf R-Forge gehostet wird und vielversprechend aussieht: Factorplot . Es enthält zeilen- und buchstabenbasierte Darstellungen sowie eine Matrixübersicht (über ein Ebenendiagramm) aller paarweisen Vergleiche. Ein Arbeitspapier finden Sie hier: Factorplot: Verbesserte Darstellung einfacher Kontraste in GLMs
insert_absorb()der versucht wird, zwei Behandlungen zu extrahieren. Sie können vielleicht versuchen, das Trennzeichen zu ändern, das Sie für die Codierungsebenen Ihres Interaktionsbegriffs verwendet haben. Ohne ein funktionierendes Beispiel ist es schwer zu sagen, was passiert ist.
console=TRUEin HSD.test()um die Tabellen zu erhalten, falls jemand versucht , dies und sieht kein Ergebnis. Wahrscheinlich ein Update von agricolae.
Es gibt eine Funktion mit dem Namen TukeyHSD, die gemäß der Hilfedatei eine Reihe von Konfidenzintervallen für die Unterschiede zwischen den Mitteln der Niveaus eines Faktors mit der angegebenen familienbezogenen Wahrscheinlichkeit der Abdeckung berechnet. Die Intervalle basieren auf der studentisierten Bereichsstatistik, Tukeys "Honest Significant Difference" -Methode. Macht das was du willst?
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/TukeyHSD.html