Was ist der einfachste Weg, um Plots in Publikationsqualität unter Linux zu erstellen?

Wir können davon ausgehen, dass wir eine CSV-Datei haben und ein sehr einfaches Liniendiagramm mit mehreren Linien auf einem Plot und einer einfachen Legende wollen.

Am einfachsten ist es, R zu verwenden

Verwenden Sie read.csv, um die Daten in R einzugeben, und verwenden Sie dann eine Kombination der Befehle plotundline

Wenn Sie etwas ganz Besonderes wollen, schauen Sie sich die Bibliotheken ggplot2 oder lattice an .

In ggplot2den folgenden Befehlen sollten Sie loslegen.

require(ggplot2)
#You would use read.csv here
N = 10
d = data.frame(x=1:N,y1=runif(N),y2=rnorm(N), y3 = rnorm(N, 0.5))
p = ggplot(d)

p = p+geom_line(aes(x, y1, colour="Type 1"))
p = p+geom_line(aes(x, y2, colour="Type 2"))
p = p+geom_line(aes(x, y3, colour="Type 3"))
#Add points
p = p+geom_point(aes(x, y3, colour="Type 3"))
print(p)   

Dies würde Ihnen das folgende Diagramm geben:

Liniendiagramm http://img84.imageshack.us/img84/6393/tmpq.jpg

Speichern von Grundstücken in R

Das Speichern von Plots in R ist einfach:

#Look at ?jpeg to other different saving options
jpeg("figure.jpg")
print(p)#for ggplot2 graphics
dev.off()

Anstelle von jpeg's können Sie auch eine pdfoder eine Postscript-Datei speichern:

#This example uses R base graphics
#Just change to print(p) for ggplot2
pdf("figure.pdf")
plot(d$x,y1, type="l")
lines(d$x, y2)
dev.off()

Es ist schwierig, R für Grafiken zu übertreffen. Sie können in 3 Zeilen tun, was Sie wollen. Angenommen, die CSV-Datei enthält vier Spalten:

x <- read.csv("file.csv")
matplot(x[,1],x[,2:4],type="l",col=1:3)
legend("topleft",legend=c("A","B","C"),lty=1,col=1:3)

R ist definitiv die Antwort. Ich möchte nur hinzufügen, was Rob und Colin bereits gesagt haben:

Um die Qualität Ihrer Plots zu verbessern, sollten Sie in Betracht ziehen, das Cairo- Paket für das Ausgabegerät zu verwenden. Dadurch wird die Qualität der endgültigen Grafiken erheblich verbessert . Sie rufen die Funktion einfach vor dem Plotten auf und sie wird als Ausgabegerät nach Kairo umgeleitet.

Cairo(600, 600, file="plot.png", type="png", bg="white")
plot(rnorm(4000),rnorm(4000),col="#ff000018",pch=19,cex=2) # semi-transparent red
dev.off() # creates a file "plot.png" with the above plot

In Bezug auf die Veröffentlichung spielt diese Rolle eine entscheidende Rolle Sweave. Das Kombinieren von Plots mit Ihrem Papier ist ein trivialer Vorgang (und hat den zusätzlichen Vorteil, dass Sie etwas erhalten, das reproduzierbar und verständlich ist). Verwenden cacheSweaveSie diese Option, wenn Sie langwierige Berechnungen haben.

Mein Lieblingswerkzeug ist Python mit mathplotlib

Die Vorteile:

• Sofortiger Export aus der Umgebung, in der ich meine Experimente durchführe
• Unterstützung für die Scipy / Numpy-Datenstrukturen
• Vertraute Syntax / Optionen (Matlab-Hintergrund)
• Volle Latexunterstützung für Etiketten / Legenden etc. Also gleicher Satz wie im Rest Ihres Dokuments!

Verwenden Sie für verschiedene Dateiformate wie svg und eps den Formatparameter von savefig

Ein Beispiel: input.csv

"Zeile 1", 0,5,0,8,1,0,0,9,0,9
"Zeile 2", 0,2,0,7,1,2,1,1,1

Code:

import csv
import matplotlib.pyplot as plt

legends = []
for row in csv.reader(open('input.csv')):
    legends.append(row[0])
    plt.plot(row[1:])

plt.legend(legends)
plt.savefig("out.svg", format='svg')

In den Beispielgalerien finden Sie drei beliebte Visualisierungsbibliotheken:

• matplotlib gallery (Python)
• R graph gallery (R) - (siehe auch ggplot2 , scrolle runter zur Referenz)
• Prefuse-Visualisierungsgalerie (Java)

In den ersten beiden Fällen können Sie sogar den zugehörigen Quellcode anzeigen - das Einfache ist einfach, nicht viele Codezeilen. Der Prefuse-Fall verfügt über den erforderlichen Java-Boilerplate-Code. Alle drei unterstützen eine Reihe von Backends / Geräten / Renderern (pdf, ps, png usw.). Alle drei sind eindeutig in der Lage, qualitativ hochwertige Grafiken zu erstellen.

Ich denke, es kommt so ziemlich darauf an, in welcher Sprache Sie sich am wohlsten fühlen.

Eine andere Option ist Gnuplot

Einfach ist relativ. Kein Werkzeug ist einfach, bis Sie wissen, wie man es benutzt. Einige Werkzeuge mögen auf den ersten Blick schwieriger erscheinen, bieten Ihnen jedoch eine viel feinere Kontrolle, sobald Sie sie beherrschen.

Ich habe vor kurzem begonnen, meine Pläne in pgfplots zu machen . Als LaTeX-Paket (zusätzlich tikz) ist es besonders gut darin, Dinge gut aussehen zu lassen. Die Schriftarten stimmen mit dem Rest des Dokuments überein und es ist viel einfacher, Ihre Diagramme visuell zu integrieren. Es ist nicht die einfachste Möglichkeit, Plots zu erstellen, aber es ist eine ziemlich einfache Möglichkeit, Plots zu erstellen, die mit Sicherheit die Qualität einer Veröffentlichung haben.