Weibull-Überlebensmodell mit zeitlich variierenden Covariaten in R.

7

Ich versuche, ein Überlebensmodell mit dem Weibull-Ansatz zu erstellen, aber die Falte ist, dass ich zeitlich variierende Kovariaten habe. Ich verwende das Überlebenspaket in R. Mein Anruf lautet:

output <- survreg(Surv(start, stop, fail) ~ gdppc + [...] + cluster(name), data = mydata, dist="weibull")

was den folgenden Fehler ergibt:

Error in survreg(Surv(start, stop, fail) ~ gdppclag + : 
  Invalid survival type

Das coxphVerfahren funktioniert gut, aber ich möchte das Weibull verwenden.

Meine erste Frage lautet: Kann der Weibull-Ansatz zeitvariante Kovariaten berücksichtigen? Ich habe mich in einigen Texten umgesehen und sehe, dass der Cox-PH-Ansatz auf zeitvariante Kovariaten erweitert werden kann. Es ist weniger klar, ob der Weibull-Ansatz dies kann.

Zweitens, wenn der Weibull tatsächlich funktionieren kann, welche Pakete in R können ihn verarbeiten?

r survival cox-model weibull

— George
quelle

Danke, ich habe die Frage umformuliert / geklärt, um sie zum Thema zu bringen.

— George

Ich wäre nicht voreilig, dass der Coxph funktioniert oder dass der Survreg nicht damit umgehen kann. Die Fehlermeldung impliziert, dass Ihr Fehlercode seltsame Werte aufweist. Können Sie erläutern, wie Start, Stopp und Fehler codiert werden? Haben Sie auch die Überlebensvignette über zeitlich veränderliche Kovariaten gelesen? Die Überlebensvignetten sind sehr gut.

— Wayne

2

Das flexurvPaket kann dies tun: https://cran.r-project.org/web/packages/flexsurv/index.html

Rufen Sie einfach die flexsurvregFunktion statt survreg.

2

Sie können dies mit dem SurvivalPaket wie folgt tun :

Srv <- Surv(start, stop, fail, type="interval" )

und dann können Sie Srvin Ihrem Modell verwenden als:

output <- survreg(Surv(start, stop, fail) ~ gdppc + [...] + cluster(name), data = mydata, dist="weibull")

Hoffe das kann helfen :)

— Abdal
quelle

1

Dies kann auch mit dem aftregBefehl aus dem eha- Paket erreicht werden. Um die gleiche Parametrisierung zu erhalten, die normalerweise vom survregBefehl aus dem Überlebenspaket und auch vom flexsurvregBefehl aus dem flexsurv- Paket verwendet wird, parammuss die Option auf gesetzt sein "LifeExp", wie in der Dokumentation des Pakets erläutert . Eine Anpassung Ihres Codes wäre daher wie folgt:

output <- aftreg(Surv(start, stop, fail) ~ gdppc + [...] + cluster(name), data = mydata, dist="weibull", param="lifeExp")

Ein Vorteil des eha::aftregBefehls besteht darin, dass er mit Stargazer kompatibel ist und seine Ausgabe daher problemlos in das LaTeX-Format exportiert werden kann.

— George Costanza
quelle