Als «hdf5» getaggte Fragen

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Gibt es einen Vorteil für die Analysegeschwindigkeit oder die Speichernutzung bei der Verwendung von HDF5 für große Array-Speicher (anstelle von flachen Binärdateien)?
Ich verarbeite große 3D-Arrays, die ich oft auf verschiedene Arten in Scheiben schneiden muss, um eine Vielzahl von Datenanalysen durchzuführen. Ein typischer "Würfel" kann ~ 100 GB groß sein (und wird wahrscheinlich in Zukunft größer werden) Es scheint, dass das typische empfohlene Dateiformat für große Datenmengen in Python die Verwendung …
95 python  numpy  hdf5  pytables  h5py 
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Lesen von HDF5-Dateien in Python
Ich versuche, Daten aus der HDF5-Datei in Python zu lesen. Ich kann die hdf5-Datei mit lesen h5py, aber ich kann nicht herausfinden, wie ich auf Daten in der Datei zugreifen kann. Mein Code import h5py import numpy as np f1 = h5py.File(file_name,'r+') Dies funktioniert und die Datei wird gelesen. Aber …
75 python  hdf5 
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Meinungen zu NetCDF vs HDF5 zum Speichern wissenschaftlicher Daten?
Hat da draußen jemand genug Erfahrung mit NetCDF und HDF5, um einige Vor- und Nachteile zu nennen, um wissenschaftliche Daten zu speichern? Ich habe HDF5 verwendet und möchte über Java lesen / schreiben, aber die Benutzeroberfläche ist im Wesentlichen ein Wrapper um die C-Bibliotheken, was ich verwirrend fand. NetCDF scheint …
68 hdf5  netcdf 
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Fehlende optionale Abhängigkeitstabellen. In pandas to_hdf
Der folgende Code gibt mir einen Fehler. import pandas as pd df = pd.DataFrame({'a' : [1,2,3]}) df.to_hdf('temp.h5', key='df', mode='w') Das gibt mir Fehler. Fehlende optionale Abhängigkeitstabellen. Verwenden Sie pip oder conda, um Tabellen zu installieren. Ich habe bereits versucht, ImportError HDFStore erfordert PyTables Kein Modul mit dem Namen Tabellen . …
8 python  pandas  pip  hdf5  pytables 
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