1. Du kannst nicht buchstabieren
Als erstes müssen Sie testen, ob Sie den Namen des Pakets richtig geschrieben haben. Paketnamen unterscheiden in R zwischen Groß- und Kleinschreibung.
2. Sie haben nicht im richtigen Repository gesucht
Als nächstes sollten Sie überprüfen, ob das Paket verfügbar ist. Art
setRepositories()
Siehe auch ? SetRepositories .
Um zu sehen, welche Repositorys R nach Ihrem Paket suchen, und wählen Sie optional einige zusätzliche aus. Zumindest möchten Sie normalerweise CRANausgewählt werden, undCRAN (extras) wenn Sie Windows verwenden, und die Bioc*Repositorys, wenn Sie welche tun[Gen / Prote / Metabol / Transkript] Omics biologische Analysen.
Um dies dauerhaft zu ändern, fügen Sie setRepositories(ind = c(1:6, 8))Ihrer Rprofile.siteDatei eine Zeile wie hinzu .
3. Das Paket befindet sich nicht in den von Ihnen ausgewählten Repositorys
Geben Sie alle verfügbaren Pakete mit zurück
ap <- available.packages()
Siehe auch Namen der verfügbaren Pakete von R , ? Available.packages .
Da dies eine große Matrix ist, können Sie sie mit dem Daten-Viewer untersuchen. Alternativ können Sie schnell überprüfen, ob das Paket verfügbar ist, indem Sie anhand der Zeilennamen testen.
View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)
Alternativ kann die Liste der verfügbaren Pakete in einem Browser für CRAN , CRAN (Extras) , Bioconductor , R-Forge , RForge und Github angezeigt werden .
Eine weitere mögliche Warnmeldung, die Sie bei der Interaktion mit CRAN-Spiegeln erhalten können, lautet:
Warning: unable to access index for repository
Dies kann darauf hinweisen, dass das ausgewählte CRAN-Repository derzeit nicht verfügbar ist. Sie können einen anderen Spiegel mit auswählen chooseCRANmirror()und die Installation erneut versuchen.
Es gibt mehrere Gründe, warum ein Paket möglicherweise nicht verfügbar ist.
4. Sie möchten kein Paket
Vielleicht möchten Sie nicht wirklich ein Paket. Es ist üblich, über den Unterschied zwischen einem Paket und einer Bibliothek oder einem Paket und einem Datensatz verwirrt zu sein .
Ein Paket ist eine standardisierte Sammlung von Material, das R erweitert, z. B. Code, Daten oder Dokumentation. Eine Bibliothek ist ein Ort (Verzeichnis), an dem R nach Paketen sucht, die es verwenden kann
Geben Sie Folgendes ein, um verfügbare Datensätze anzuzeigen
data()
5. R oder Bioconductor ist veraltet
Es kann eine Abhängigkeit von einer neueren Version von R haben (oder von einem der Pakete, die es importiert / von denen es abhängt). Ansehen
ap["foobarbaz", "Depends"]
und erwägen Sie, Ihre R-Installation auf die aktuelle Version zu aktualisieren. Unter Windows ist dies am einfachsten über das installrPaket möglich.
library(installr)
updateR()
(Natürlich müssen Sie möglicherweise install.packages("installr")zuerst.)
Entsprechend für Bioconductor-Pakete müssen Sie möglicherweise Ihre Bioconductor-Installation aktualisieren.
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")
6. Das Paket ist veraltet
Möglicherweise wurde es archiviert (wenn es nicht mehr gewartet wird und die R CMD checkTests nicht mehr besteht ).
In diesem Fall können Sie eine alte Version des Pakets mit laden install_version()
library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")
Eine Alternative ist die Installation vom Github CRAN-Spiegel.
library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")
7. Es gibt keine Windows / OS X / Linux-Binärdatei
Möglicherweise ist keine Windows-Binärdatei vorhanden, da zusätzliche Software erforderlich ist, über die CRAN nicht verfügt. Darüber hinaus sind einige Pakete für einige oder alle Plattformen nur über die Quellen verfügbar. In diesem Fall befindet sich möglicherweise eine Version im CRAN (extras)Repository (siehe setRepositoriesoben).
Wenn für das Paket Code kompiliert werden muss (z. B. C, C ++, FORTRAN), installieren Sie unter Windows Rtools oder unter OS X die mit XCode gelieferten Entwicklertools und installieren Sie die Quellversion des Pakets über:
install.packages("foobarbaz", type = "source")
# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")
In CRAN können Sie anhand des NeedsCompilationFlags in der Beschreibung feststellen, ob Sie spezielle Tools zum Erstellen des Pakets aus dem Quellcode benötigen .
8. Das Paket befindet sich auf Github / Bitbucket / Gitorious
Es kann ein Repository auf Github / Bitbucket / Gitorious haben. Für diese Pakete muss das remotesPaket installiert sein.
library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")
(Wie bei installrmüssen Sie möglicherweise install.packages("remotes")zuerst.)
9. Es gibt keine Quellversion des Pakets
Obwohl die Binärversion Ihres Pakets verfügbar ist, ist die Quellversion nicht verfügbar. Sie können diese Prüfung durch Einstellen deaktivieren
options(install.packages.check.source = "no")
wie in dieser SO-Antwort von imanuelc und im Abschnitt Details von beschrieben ?install.packages.
10. Das Paket befindet sich in einem nicht standardmäßigen Repository
Ihr Paket befindet sich in einem nicht standardmäßigen Repository (z Rbbg. B. ). Unter der Annahme, dass es den CRAN-Standards angemessen entspricht, können Sie es dennoch mit herunterladen install.packages. Sie müssen nur die Repository-URL angeben.
install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")
RHIPEAuf der anderen Seite befindet es sich nicht in einem CRAN-ähnlichen Repository und verfügt über eigene Installationsanweisungen .