So wählen Sie einen CRAN-Spiegel in R aus

Ich versuche, ein Paket über die R-Eingabeaufforderung zu installieren, indem ich Folgendes tue:

install.packages('RMySQL')

Die Ausgabe ist jedoch wie folgt:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

Und sonst nichts! Ich kann keine Lösung für dieses grundlegende Problem finden. Was soll ich eingeben, um einen CRAN-Spiegel auszuwählen?

BEARBEITEN:

Betriebssystem: Mac-OS X 10.6.8 R Version: 2.15.0

Sie sollten entweder ein Fenster mit einer Liste von Repositorys oder ein Textmenü mit einigen Optionen erhalten. Wenn dies jedoch nicht angezeigt wird, können Sie mithilfe von reposParametern jederzeit den Spiegel angeben, von dem die Pakete selbst heruntergeladen werden sollen. Auf diese Weise fragt R Sie nicht mehr nach dem Repository. Beispiel:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Hier haben Sie eine Liste von Spiegeln für R.

Folgendes mache ich, was im Grunde direkt von der example(Startup)Seite kommt:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

das ist in ~/.Rprofile.

Bearbeiten: Da es jetzt 2018 ist, können wir hinzufügen, dass die URL in den letzten Jahren "https://cloud.r-project.org"vorzuziehen war, da sie a) https-Zugriff und b) ein CDN "immer in Ihrer Nähe" widerspiegelt.

Ich bin ein Fan von:

chooseCRANmirror()

Dadurch wird die Liste der Spiegel in der Ausgabe gedruckt (kein Popup-Fenster, da Sie es vom Terminal aus ausführen), und Sie geben die gewünschte Nummer ein.

Ich verwende die von Dirk vorgeschlagene ~ / .Rprofile-Lösung, wollte aber nur darauf hinweisen

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

scheint das Vernünftige zu sein

chooseCRANmirror(81)

, was vielleicht funktioniert, aber die magische Zahl 81 beinhaltet (oder vielleicht ist dies eine subtile Möglichkeit, den Tourismus auf 81 = UK (Bristol) zu fördern :-))

Der Repository-Auswahlbildschirm kann auf Ihrem System (OS X) nicht angezeigt werden, da OS X X11 nicht mehr enthält. R versucht, Ihnen die Eingabeaufforderung über X11 anzuzeigen. Installieren Sie X11 von http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Führen Sie dann den Befehl install aus. Die Eingabeaufforderung für die Repo-Auswahl wird angezeigt.

Wenn Sie den Spiegel nicht interaktiv einstellen müssen (z. B. eine rbundler-Installation in einem Bereitstellungsskript durchführen), können Sie dies folgendermaßen tun:

Zuerst manuell ausführen:

chooseCRANmirror()

Wählen Sie die für Sie am besten geeignete Spiegelnummer und merken Sie sich diese. Um die Auswahl zu automatisieren:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Wobei 87 die Nummer des Spiegels ist, den Sie verwenden möchten. Dieses Snippet installiert auch das Rbundle für Sie. Sie können das weglassen, wenn Sie möchten.

ich benutzte

chooseCRANmirror(81)

Sie werden aufgefordert, das Land auszuwählen. Anschließend können Sie eine Auswahl treffen, indem Sie den dort angegebenen Länderspiegelcode eingeben.

Es sollte ein Dropdown-Menü angezeigt werden, aus dem Sie auswählen können (oder Sie erhalten eine Reihe von Zahlen zur Auswahl), unabhängig davon, ob Sie R im Terminal oder eine IDE wie RStudio verwenden. Dies wird unter Windows, Mac OS und den meisten Linux-Systemen unterstützt. Möglicherweise sind jedoch zusätzliche Konfigurationen oder Abhängigkeiten wie X-Windows erforderlich.

Verwenden Sie die folgenden -XYFlags, um X-Windows bei Verwendung des Remotezugriffs zu aktivieren :

ssh -XY username@server.domain

Es gibt häufig ein Standard-Repo, das jedoch angegeben werden kann, wenn Sie Probleme haben, z. B. das Ausführen von Skripten oder Rmarkdown / knitr. Sie können den repoOpset-Spiegel oder das Repository für CRAN bei jeder Installation verwenden mit:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Für schnellere Downloads ist es ratsam, den nächstgelegenen Spiegel zu Ihrem Standort zu verwenden. Beispielsweise:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Sie können die reposOption auch in Ihrer Sitzung festlegen, sodass Sie sie nur einmal pro interaktiver Sitzung (oder Skript) benötigen. Sie können überprüfen, ob reposFolgendes konfiguriert ist:

options(repos)

Wenn Sie erhalten "Error in options(repos) : object 'repos' not found", können Sie die Repository-Option festlegen. Beispielsweise:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Dann sollte es funktionieren, Pakete wie gewohnt zu installieren. Beispielsweise:

install.packages("RMySQL")

Wie von anderen erwähnt, können Sie das Repository in Ihrer .RprofileDatei konfigurieren und diese Funktion für alle Ihre Skripte verwenden. Es liegt an Ihnen, ob Sie diese "globalen" Optionen auf Ihrem System oder die "lokalen" Optionen in Ihrer Sitzung oder Ihrem Skript bevorzugen. Diese "lokalen" Optionen benötigen mehr Zeit für die Verwendung jeder Sitzung, haben jedoch den Vorteil, dass andere Benutzer Ihre Skripte verwenden können, wenn sie Ihre nicht haben .Rprofile.

Unter macOS hatte ich genau das, was Sie sagten: Eine Eingabeaufforderung "Bitte auswählen" und dann nichts mehr.

Nachdem ich X-Quartz geöffnet (und aktualisiert; weiß nicht, ob dies relevant war), R neu gestartet und erneut versucht habe, wurde nach einigen Sekunden eine X-Fenster-Liste mit Spiegeln zur Auswahl angezeigt. Ab dem dritten Mal war es schneller.

Sie können auch alle grafischen Menüs deaktivieren, indem Sie diese ausführen oder in Ihr Rprofile einfügen

options(menu.graphics = FALSE)

Hinzufügen ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})