Die Änderung ist ein wesentlicher Bestandteil des Produktdesigns. Also, nein, zeichnen Sie das nicht von Hand auf das PDF.
Fügen Sie es den Schaltplänen hinzu. Sie sollten ohnehin über eine ordnungsgemäße Versionskontrolle für Ihre Schaltpläne verfügen (versuchen Sie es mit git. Es ist für Quellcode gedacht, funktioniert aber mit jedem Dateityp - es werden nur keine nützlichen Unterschiede zwischen den Revisionen angezeigt, aber das ist hier kein Problem). Kommentieren Sie es deutlich in Ihren Schaltplänen. Wenn Ihre EDA-Suite dies zulässt, ändern Sie Farbe und Strich, unabhängig von der Änderung, um zu verdeutlichen, dass es sich um eine Änderung handelt.
Wenn es sich bei Ihrer Änderung nur um eine Drahtbrücke handelt: Es ist nicht ungewöhnlich, dass schematische Entwurfsprogramme eine spezielle Komponente für die externe Verbindung aufweisen.
Da Sie wahrscheinlich weiterhin eine gültige Karte aus diesem Schaltplan generieren möchten, stellen Sie sicher, dass die Komponente "Externe Verbindung" über ein kleines einzelnes Pad verfügt, das Sie in Ihrem Platinendesign auf einem Draht platzieren können. Auf diese Weise erhalten Sie auch die Garantie, dass Sie am Ende auch etwas zu löten haben.
Auch hier weiß ich nicht, welche Software Sie verwenden, aber es wird trotzdem Sinn machen, selbst den gröbsten Hack in eine Art Footprint / Komponente zu "formalisieren": Ihre Drahtbrücke könnte einfach aus zwei Komponenten mit jeweils einem Pad bestehen, die sich teilen der gleiche Netzname. Auf diese Weise können Sie den Fix tatsächlich in Ihr Board-Design "einfügen" und ihn daher dokumentieren lassen.
Außerdem kann es sein, dass Ihr Board die Entwurfsregelprüfungen nicht besteht. Welches wäre natürlich richtig.