Viele USB-Peripheriegeräte enthalten Flash-basierte Mikrocontroller. Obwohl auf Masken-ROM basierende Mikrocontroller billiger sind, kann die Verwendung eines auf Flash basierenden Mikrocontrollers es einem Hersteller ermöglichen, eine Karte für eine Vielzahl von OEM-Produkten zu verwenden, von denen jede den Namen angibt, unter dem sie verkauft wird. Einige Peripheriegeräte enthalten Firmware, mit der sie über den USB-Anschluss neu programmiert werden können. Eine solche Konfiguration würde es einem Hersteller ermöglichen, Teile in einer Weise vorzuprogrammieren, die für seinen Kunden mit dem höchsten Volumen geeignet ist, und sie bei Bedarf für andere Kunden neu zu programmieren.
Wenn eine Maus zufällig einen Flash-Mikrocontroller enthält, kann eine böswillige Person diese möglicherweise so umprogrammieren, dass sie sich als Malware-Infektionsgerät verhält. Da die meisten Mäuse wahrscheinlich keine besonders großen Mikrocontroller verwenden, ist möglicherweise kein Platz für Malware vorhanden, wenn die Maus als Maus verwendet werden muss. Andererseits ist es möglicherweise möglich, dass einige Malware eine anfällige Maus identifiziert und so umprogrammiert, dass sie nicht mehr als Maus funktioniert, sondern als Agent des Bösen fungiert, wenn sie an einen nicht infizierten Computer angeschlossen wird [auf der Theorie, dass jemand, dessen Maus nicht mehr funktioniert, sie auf einem anderen Computer testen könnte].
Es wäre im Allgemeinen nicht schwierig, ein USB-Peripheriegerät so zu gestalten, dass nach dem Laden der endgültigen Firmware kein Neuladen über den USB-Anschluss möglich ist. Es gibt jedoch keine allgemeine Möglichkeit, Geräte, die vor einer Neuprogrammierung geschützt sind, von Geräten zu unterscheiden, die nicht vorhanden sind nicht. Es wäre auch möglich, einen "intelligenten USB-Hub" mit einem Display und einigen Tasten zu entwerfen, die beim Anschließen eines Geräts anzeigen, was das Gerät behauptet, und eine Bestätigung anfordern, bevor der Computer das Gerät sehen kann, und Beschränkung der Kommunikation des Geräts auf diejenigen, die für seinen Typ genehmigt wurden, aber ich weiß nicht, ob solche Smart-Hub-Geräte verfügbar sind.