Einige Probleme auf dem Gebiet der Computational Biology scheinen für praktische Anwendungen geeignet zu sein, die nicht künstlich sind - oder zumindest nicht so künstlich wie die von Jukka Suomela erwähnten Probleme.
Beispielsweise erwähnen die Leute häufig die Arbeiten von F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters, C. Symons, Kernelisierungsalgorithmen für das Vertex-Cover-Problem: Theorie und Experimente , Proceedings of the 6th Workshop zu Algorithm Engineering und Experimenten (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Angewandte Mathematik 115, 2004.
Wie die Autoren feststellen, "besteht eine der Anwendungen, auf die wir unsere Methoden angewendet haben, darin, phylogenetische Bäume auf der Grundlage von Proteindomäneninformationen zu finden, ..." (Abschnitt 8 des obigen Papiers).
Eine Untergruppe der Autoren hat ähnliche Veröffentlichungen zu diesem Thema, siehe z. B. Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag und Christopher T. Symons, Skalierbare parallele Algorithmen für FPT-Probleme , Algorithmica, Band 45, Nummer 3 269-284.
Ich bin nicht sicher, ob die in den Experimenten verwendeten Instanzen reale oder künstliche Instanzen waren, aber ich hoffe, die beiden Referenzen geben Ihnen einen guten Ausgangspunkt.