Wie kann ich die Zeilen zweier Dateien zusammenführen, indem ich gemeinsame Header habe?

Ich möchte zwei Dateien basierend auf den darin enthaltenen gemeinsamen Daten als Header zusammenführen.

Es folgt das Beispiel

Datei1

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
>Feature scaffold3
10  500  g
>Feature scaffold4
10  300  g

Datei 2

>Feature scaffold1
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
200 300 r
>Feature scaffold3
100 200 r
>Feature scaffold4
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Und hier ist die Art von Ausgabe, die ich möchte:

>Feature scaffold1
1   100 g
101 200 g
201 300 g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100 g
01  500 g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500 g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300 g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Ich habe etwas awk und sed ausprobiert, war aber eindeutig nicht erfolgreich. Wie kann ich das tun?

Awk Lösung:

awk '/^>/{ k=$1 FS $2 }
     NR==FNR{ 
         if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0; next
     }
     k in a{ 
         print $0 ORS a[k]; delete a[k]; next 
     }1' file1 file2

• /^>/{ k=$1 FS $2 }- bei Begegnung mit der Kopfzeile (dh >Feature ...) - einen Schlüssel kaus dem 1. $1und 2. $2Feld zusammenstellen
• NR==FNR{ ... }- Verarbeitung der 1. Eingabedatei ( file1):
  • if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0- Sammeln Sie Nicht-Header- Zeilen amit dem aktuellen Schlüssel im Arrayk
  • next - Zum nächsten Datensatz springen
• k in a- Wenn sich der aktuelle file2Datensatz basierend auf dem Datensatz im Array befindet a(basierend auf den file1Datensätzen):
  • print $0 ORS a[k] - Zugehörige Datensätze drucken
  • delete a[k] - verarbeitete Artikel löschen

Die Ausgabe:

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500  g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300  g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Ein anderer Ansatz und um es einfacher zu machen.

grep -v '^scaffold' <(awk -v RS='>Feature ' \
    'NF{s[$1]=s[$1]$0} END{for (x in s)print RS""s[x]}' file[12])