Ich versuche, Python-Paket rpy2mit Pip-Installation unter Ubuntu 16.04 zu installieren :
pip install rpy2==2.2.7aber erhalte eine Fehlermeldung (siehe vollständige Ausgabe unten):
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/Das gleiche passiert mit anderen Paketen, wie pip install unrolloder mit pip2. Ich dachte, dieser Beitrag wäre das gleiche Problem, aber dort wird er mit sudo gelöst.
Lösungen ausprobiert
Ich habe versucht , Lösungen in diesem Beitrag , wie: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptools, oder sudo apt-get install python-setuptools, aber ohne Erfolg.
Python / Pip Info
Jemand schlug vor, ich könnte eine seltsame Python / Pip-Installation haben. Hier sind ein paar Infos:
sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f
/usr/bin/python2.7
/usr/local/bin/pip
/usr/local/bin/pip2
sudo python --version
Python 2.7.12
sudo pip --version
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)
/usr/bin/pip2 --version
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)
ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov 8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pipVolle Fehlerausgabe
pip install rpy2 == 2.2.7
Sammeln von rpy2 == 2.2.7 Verwenden von zwischengespeichertem rpy2-2.2.7.tar.gz
Vollständige Ausgabe des Befehls python setup.pygg_info:
Ausführen von Egg_info
Pip-Egg-Info erstellen / rpy2.egg-Info
Schreiben von pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
Schreiben von Namen der obersten Ebene in pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
Schreiben von dependency_links in pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
Schreiben der Manifestdatei 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
Traceback (letzter Anruf zuletzt):
Datei "", Zeile 1, in
Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 462, in
[os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", Zeile 151, im Setup
dist.run_commands ()
Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", Zeile 953, in run_commands
self.run_command (cmd)
Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", Zeile 972, in run_command
cmd_obj.run ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Linie 280, im Lauf
self.find_sources ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Zeile 295 in find_sources
mm.run ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Linie 526, im Lauf
self.add_defaults ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Zeile 562 in add_defaults
sdist.add_defaults (self)
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
Zeile 36 in add_defaults
self._add_defaults_ext ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
Zeile 119 in _add_defaults_ext
build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", Zeile 312, in get_finalized_command
cmd_obj.ensure_finalized ()
Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", Zeile 109, in sure_finalized
self.finalize_options ()
Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 155, in finalize_options
config + = get_rconfig (r_home, ungefähr)
Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 319, in get_rconfig
rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 279, in from_string
+ '\ nin string \ n' + string)
ValueError: Ungültiger Teilstring
-fopenmp
in Zeichenfolge
-Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolische Funktionen -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm
Der Befehl "python setup.pygg_info" ist mit Fehlercode 1 in / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 / fehlgeschlagen
pip install abrollen
Sammeln des Abrollens Verwenden des zwischengespeicherten Abrollens-0.1.0.tar.gz
Vollständige Ausgabe des Befehls python setup.pygg_info:
Herunterladen von http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
Traceback (letzter Anruf zuletzt):
Datei "", Zeile 1, in
Datei "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", Zeile 2, in
ez_setup.use_setuptools ()
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 145, in use_setuptools
return _do_download (version, download_base, to_dir, download_delay)
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 124, in _do_download
to_dir, download_delay)
Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 193, in download_setuptools
src = urlopen (url)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 154, in urlopen
return opener.open (URL, Daten, Timeout)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 435, geöffnet
Antwort = Meth (req, Antwort)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 548, in http_response
'http', Anfrage, Antwort, Code, msg, hdrs)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 473, fehlerhaft
return self._call_chain (* args)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 407, in _call_chain
Ergebnis = func (* args)
Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 556, in http_error_default
Erhöhen Sie HTTPError (req.get_full_url (), Code, msg, hdrs, fp)
urllib2.HTTPError: HTTP-Fehler 403: SSL ist erforderlich
Der Befehl "python setup.pygg_info" ist mit dem Fehlercode 1 in tmp / pip- fehlgeschlagen.
build-QimGjp / unroll /
Ist R bereits installiert?
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Lapisdecor
Versuchen Sie es mit der
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George Udosen
-HFlagge wiesudo -H
Tut mir leid, aber das ist zu chaotisch, als dass ich im Moment jemandem helfen möchte, es zu entwirren. Auch mit dem Kopfgeld. Vielen Dank für Ihre Erinnerungen.
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David Foerster
Danke @ George, aber leider auch sith das
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Matifou
sudo -Hes nicht funktioniert :-(