Wie füge ich mit sed für jede Zeile einen anderen Header ein?

Ich muss eine Textdatei mit 770 Zeilen ändern und für jede eine andere Überschrift hinzufügen. Ich habe beispielsweise Folgendes:

CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Und ich möchte dies erhalten:

>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Da Sie speziell nach einer sed-Lösung gefragt haben (ich würde nicht vorschlagen, dies tatsächlich so zu tun - aber Sie könnten):

$ sed = file | sed '1~2 s/^/>seq/'
>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Der erste Aufruf sed = filefügt blanke Zeilennummern ein, der zweite verziert sie, indem die >seqZeichenfolge vorangestellt wird .

OTOH Wenn Sie im Voraus wissen, dass es 770 Leitungen gibt, können Sie dies tun

printf ">seq%d\n" {1..770} | sed 'R file'

obwohl dies auf der GNU sed- RErweiterung beruht :

R Dateiname
Warteschlange Eine Zeile mit Dateinamen, die am Ende des aktuellen Zyklus oder beim Lesen der nächsten Eingabezeile gelesen und in den Ausgabestream eingefügt werden soll. Beachten Sie, dass, wenn der Dateiname nicht gelesen werden kann oder wenn sein Ende erreicht ist, keine Zeile ohne Fehleranzeige angehängt wird.

Natürlich , wenn Sie nicht die Anzahl der Zeilen im Voraus wissen, Sie könnten tun

printf ">seq%d\n" $(seq 1 "$(wc -l < file)") | sed 'R file'

Dies würde jedoch den Vorteil verlieren, dass die Datei nur einmal gelesen werden muss.

In der Praxis würde ich wahrscheinlich die awk-Lösung von @ John1024 oder deren Perl-Äquivalent verwenden

perl -lpe 'print ">seq" . $.' file

Ihre Aufgabe kann mit sed erledigt werden, aber sed fehlt jedes native Verständnis der Arithmetik, was es zum falschen Werkzeug macht. Awk funktioniert gut:

$ awk '{print ">seq" NR} 1' file
>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Wie es funktioniert:

• print ">seq" NR

  Für jede neue gelesene Zeile drucken wir zuerst die gewünschte Kopfzeile.

  NR ist awks Zeilenzähler.

• 1

  Dies ist die kryptische Abkürzung von awk für Print-the-Line.

Verwenden einer einfachen Schleife:

count=1; while read -r line ; do printf '>seq%d\n%s\n' $((count++)) "$line"; done < file

Die Ausgabe:

>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Verwenden von paste:

 paste -d '\n' <(seq -f '>seq%g' 1 4) file

• seq -f '>seq%g' 1 4 schreibt durch Zeilenumbrüche getrennte Zahlen in stdout
• <(...) ist Prozesssubstitution
• paste Verkettet die entsprechende Zeile jeder Datei, getrennt durch ein Trennzeichen
• -d '\n' Setzt den Verkettungsbegrenzer auf eine neue Zeile anstelle der Standardregisterkarte