Ich benutze nautilus auf xfce und oneiric, aber der Desktop von nautilus wird angezeigt, obwohl ich ihn über gconf aktiviert habe, z. B. von
gconftool-2 \
--type bool \
--set /apps/nautilus/preferences/show_desktop false
Ich erinnere mich, dass dies bei früheren Versionen von Ubuntu funktioniert hatte.