Antworten:
Sie können den Compiz-Einstellungsmanager verwenden (Sie müssen das Paket "compizconfig-settings-manager" installieren und dann den "CompizConfig-Manager" über das Menü "System-> Einstellungen" ausführen).
Unter dem Element "Barrierefreiheit" haben Sie die Option "Deckkraft, Leuchtkraft". Dort können Sie die Deckkraft (und dann die Transparenz) Ihrer Fenster definieren und sie basierend auf dem Fenstertitel oder -typ festlegen. Wenn Sie hier ein neues Element erstellen, können Sie "class = Nautilus" eingeben und die auswählen Transparenz, die Sie wollen. Dann sind alle Nautilus-Fenster transparent.