In Ubuntu 14.04 befindet sich die Titelleiste meiner Anwendung unter der Haupttitelleiste von Unity.
In der Abbildung unten befindet sich das ausgewählte Fenster im Download-Manager, die Titelleiste ist jedoch unter der oberen Titelleiste von Unity versteckt.
Ich finde dieses Problem bei Web-Apps und eigenständigen Apps.
Im Idealfall sollte es so aussehen: