Wie installiere ich rgdal auf Ubuntu 12.10?

16

Ich habe Mühe, die rgdalBibliothek unter Ubuntu 12.10 zu installieren .

Die Installation aus R heraus führt zu folgendem Fehler:

Fehler: gdal-config nicht gefunden Das mit GDAL verteilte Skript gdal-config konnte nicht gefunden werden. Wenn Sie die GDAL-Bibliotheken nicht installiert haben, können Sie den Quellcode von http://www.gdal.org/ herunterladen. Wenn Sie die GDAL-Bibliotheken installiert haben, stellen Sie sicher, dass sich gdal-config in Ihrem Pfad befindet. Versuchen Sie, gdal-config an einer Shell-Eingabeaufforderung einzugeben, und prüfen Sie, ob es ausgeführt wird. Wenn nicht, verwenden Sie: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' mit den entsprechenden Werten für Ihre Installation.

FEHLER: Konfiguration für Paket 'rgdal' fehlgeschlagen * Entfernen von '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Warnung in install.packages: Die Installation des Pakets 'rgdal' hatte einen Exit ungleich Null Status

R-sig-Geo , diese beiden SE-Fragen und andere Websites haben mich auf die Anforderungen von hingewiesen libgdal1-dev.

Aber als ich es versuchte

sudo apt-get installiere libgdal1-dev

Am Ende erhalte ich eine andere Fehlermeldung

Einige Pakete konnten nicht installiert werden. Dies kann bedeuten, dass Sie eine unmögliche Situation angefordert haben oder wenn Sie die instabile Distribution verwenden, dass einige erforderliche Pakete noch nicht erstellt wurden oder aus Incoming verschoben wurden. Die folgenden Informationen können zur Behebung der Situation beitragen:

Die folgenden Pakete weisen nicht erfüllte Abhängigkeiten auf: libgdal1-dev: Abhängigkeiten: libgdal-dev, wird aber nicht installiert E: Sie können Probleme nicht beheben, da Sie defekte Pakete haben.

Wieder - wenn ich versuche, libgdal-devandere Abhängigkeiten zu installieren, wird ein Fehler angezeigt

Die folgenden Pakete weisen nicht erfüllte Abhängigkeiten auf: libgdal-dev: Abhängigkeiten: libgeos-dev, aber es wird nicht installiert Abhängigkeiten: libspatialite-dev, aber es wird nicht installiert

Nochmal versuchen libgeos-devgibt Nachricht:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

und libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

Gibt es eine Möglichkeit, diese Abhängigkeiten zu zähmen und rgdalin Ubuntu laufen zu lassen?

Meine sessionInfo()

R Version 2.15.1 (2012-06-22) Plattform: x86_64-pc-linux-gnu (64-Bit)

r

— radek
quelle

1

Unter Ubuntu 12.04 funktionierte die Installation von libgdal-dev und libgdal1-dev einwandfrei - vielleicht, weil Quantal (12.10) ziemlich neu ist und die Paketbetreuer noch nicht die richtigen Versionen aktualisiert haben? (Warum heißt es eigentlich, dass es installiert wird, 3.3.3-2~precise2wenn Sie sich auf quantal befinden?)

— mathematical.coffee

1

@ mathematical.coffee Ist richtig. Ich habe das vor ein paar Wochen auf QQbeta2 gemacht, aber ich kann mich nicht erinnern, wie. Versuchen Sie, das CRAN-Repository in /etc/apt/sources.list auf preciseanstatt auf einzustellen quantal.

— Ari B. Friedman

2

Hast du nachgesehen, ob du über Michaels PPA r-cran-rgdal bekommen könntest?

— Dirk Eddelbuettel

mathematical.coffee: Dann könnte es auch etwas zu früh sein. Ari: Ich habe CRAN repo aktualisiert - danke für den Tipp. Dirk: Pardon meine Unwissenheit - reden wir über launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u

— radek

Angesichts der Antwort von Josh O'Brien für den 14.04. im @radek könnte es sich lohnen, Ihre Frage zu überarbeiten , um sie für andere Ubuntu-Versionen allgemeiner zu gestalten. Ich denke, es wäre nützlich, dafür eine kanonische Frage zu haben.

— AMC

24

Eine aktuellere Antwort finden Sie hier: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

Im Wesentlichen sollten die drei folgenden Codezeilen es sortieren:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Habe eine Ewigkeit Zeit mit diesem Problem verbracht, hoffe also, dass diese aktualisierte Antwort für andere nützlich ist. Lass es mich wissen, wenn ja!

— RobinLovelace
quelle

rgdalIch hatte noch einmal ein Problem ... und stolpere hier über meine eigene Frage. Diesmal hat Ihre Lösung das Problem gelöst.

— Radek

Es ist nützlich. Vielen Dank, dass Sie sich die Zeit genommen haben, diese Schritte aufzuzeichnen.

— Josh O'Brien

1

sudo apt-get install r-cran-rgdal # Dieser Befehl macht es auch und installiert die Abhängigkeiten automatisch

— RobinLovelace

13

Führen Sie sie alle zusammen aus und geben Sie die Versionen wie folgt an:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

apt-get stuft Pakete nicht gerne herunter, aber wenn Sie es angeben, wird es dies tun.

— Rucent88
quelle

Danke - das schien den Trick zu tun. Werden zukünftige Updates zu Konflikten mit solchen Lösungen führen?

— Radek

2

Sie können wahrscheinlich Upgrade-Probleme verursachen, ja. Um zu verhindern, dass ein Paket aktualisiert wird, führen Sie dies für jedes Paket aus:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections

— Rucent88

4

Hier im Januar 2016, auf Ubuntu 14.04.2 (und mit R 3.2.2), benötigte ich Folgendes, um sowohl rgdal als auch das ergänzende (und häufig sehr nützliche) gdalUtils- Paket zu installieren:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Update: Ab Januar 2017 ist die Version von libgdal 1i, daher sollte die zweite Codezeile lauten:

sudo apt-get -y install libgdal1i

— Josh O'Brien
quelle

3

Öffnen Sie das Terminal durch Drücken von (Strg + Alt + T) und geben Sie den folgenden Befehl ein.

sudo apt-get update

sudo apt-get install -f

(Es werden Abhängigkeiten behoben.)

sudo apt-get autoremove

(Unnötige Pakete entfernen)

sudo apt-sauber werden

(Cache leeren)

— Ketan Patel
quelle

Vielen Dank. Ich habe versucht, Ihre Lösung (Autoremove hat nichts rausgeschmissen) - leider hat es nicht geholfen.

— Radek

1

Es wird manchmal unnötiges Paket entfernt. Es wird wichtig, es zu entfernen, wenn Ihr System es hat.

— Ketan Patel

3

Um rgdal auf Ubuntu 12.04 zu installieren, musste ich viele versionsspezifische Pakete installieren (und halten). Grundsätzlich habe ich jedes Paket ausprobiert und die erforderlichen Versionen der Abhängigkeiten installiert, bis ich wieder das ursprüngliche Ziel erreichen konnte, libgdal1-dev zu installieren

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal

— Toms
quelle