Ich sehe dieses unerwünschte Verhalten seit Unity zu Ubuntu gekommen ist. The Unity's Launcher "stiehlt" zufällig den Endpunkt für die Minimierung von Animationen aus Docky. Mit anderen Worten, wenn ich in Docky auf ein Symbol klicke, um ein Fenster zu minimieren, wird dieses Fenster auf Unity anstatt auf Docky minimiert. Das passiert die meiste Zeit in allen Fenstern, obwohl es manchmal, auch zufällig, vorkommt, dass die Fenster auf Docky minimiert werden, aber sehr selten.
So sieht es aus, wenn ich ein Fenster minimiere: So sollten beide Animationen aussehen: