Welche Tools für Bioinformatik und Computational Biology stehen zur Verfügung?

Heute wurde ich gebeten, nach wissenschaftlichen Versionen von Ubuntu zu suchen. Sie suchen nach Werkzeugen zur Durchführung von DNA-Sequenzanalysen, Proteinverifizierungen, Schätzungen und vielen biologischen Aufgaben.

Zuerst:

1. Gibt es eine wissenschaftliche, bio-orientierte Version von Ubuntu?

2. Gibt es Tools für wissenschaftliche Analysen wie die oben genannten?

Ich googelte auf verschiedenen Debian-, RHEL- und Virtal Machine-basierten Betriebssystemen und Forschungswerkzeugen für Computerbiologie und Bioinformatik. Einige bemerkenswerte sind im Folgenden zusammengefasst:

Debian Med : Ein Debian-Betriebssystem, das besonders gut für die Anforderungen der medizinischen Praxis und der biomedizinischen Forschung geeignet ist.

DNALinux : ist eine virtuelle Maschine mit vorinstallierter Bioinformatik-Software.

Bioknoppix : ist eine angepasste Distribution der Knoppix Linux Live-CD. Es kommt mit Anwendungen für den Molekularbiologen. Bioknoppix verwendet nicht nur etwas RAM, sondern berührt auch nicht den Host-Computer (da es sich um eine Live-CD handelt) und ist ideal für Demonstrationen, Molekularbiologiestudenten, Workshops usw.

Vigyaan : ("Vigyaan" bedeutet auf Hindi "Wissenschaft". Aber dies ist kein mir zu wissenschaftliches Linux). Vigyaan ist eine elektronische Werkbank für Bioinformatik, Computerbiologie und Computerchemie. Es wurde entwickelt, um den Bedürfnissen von Anfängern und Experten gerecht zu werden. VigyaanCD ist eine Live-Linux-CD, die die gesamte Software zum Starten des Computers mit einsatzbereiter Modellierungssoftware enthält. VigyaanCD v1.0 basiert auf KNOPPIX v3.7.

VLinux : ist eine Linux-Distribution und Appliance für Studenten und Forscher der Bioinformatik. Es basiert auf OpenSUSE und wird mit Novells Suse Studio erstellt.

BioSLAX : ist eine neue Live-CD / DVD-Suite mit Bioinformatik-Tools, die vom Ressourcenteam des BioInformatics Center (BIC) der National University of Singapore (NUS) veröffentlicht wurde. Diese CD / DVD kann von jedem PC aus gebootet werden und enthält die komprimierte SLACKWARE-Variante des LINUX-Betriebssystems, das auch als SLAX bezeichnet wird.

Bio-Linux 6.0 : ist eine voll funktionsfähige, leistungsstarke, konfigurierbare und einfach zu wartende Bioinformatik-Workstation. Bio-Linux bietet mehr als 500 Bioinformatik-Programme auf Ubuntu Linux 10.04-Basis. Es gibt ein grafisches Menü für Bioinformatik-Programme sowie einen einfachen Zugriff auf das Bioinformatik-Dokumentationssystem von Bio-Linux und Beispieldaten, die für Testprogramme nützlich sind. Sie können auch Bio-Linux-Pakete installieren, um Sequenzdatentypen der neuen Generation zu verarbeiten.

Meine Meinung als Bioinformatiker ist es, jede Linux-Variante herunterzuladen und auszuführen, die zu Ihnen passt. Fast alle können kostenlos heruntergeladen und verwendet werden. In meiner Forschungsarbeit verwende ich Ubuntu und CentOS. Ich werde meine Erfahrungen teilen.

CentOS : Wenn Sie während des Setups alle Bibliotheken installieren, treten später kaum noch Probleme auf. Ich habe das Molecular Dynamics-Paket AMBER und Desmond verwendet . Es läuft im Allgemeinen ohne große Probleme.

Ubuntu: Da nicht viele Bibliotheken vorinstalliert sind, müssen Sie wissen, wo Sie Informationen zum Ausführen einer Software finden. Da Ubuntu jedoch bei Forschern sehr beliebt ist , finde ich keinen Grund, warum Sie es nicht ausprobieren sollten. Wenn Sie Probleme beim Installieren oder Ausführen einer Software haben, können Sie Fragen in bestimmten Mailinglisten zu dieser bestimmten Software veröffentlichen. Im Ubuntu Software Center stehen Programme wie Pymol , AutoDock , Unipro UGENE etc. zur Verfügung. Gromacs war früher verfügbar (ich habe es in 12.04 nicht gefunden).

Es wird dringend empfohlen, dass Sie sich einmal die Mühe machen und all Ihre nützliche Software auf Ubuntu installieren und dann mit Remastersys Kopien Ihres Betriebssystems erstellen, um es auf so viele Desktops und Workstations zu laden, wie Sie möchten.

Persönlich sehe ich einen enormen Spielraum darin, ein spezialisiertes Linux-Betriebssystem zu haben, das auf das Publikum der Biologie- und Chemieforschung ausgerichtet ist.

Ich hoffe es hilft.

Bio-Linux ist eine Bioinformatik-Workstation auf Ubuntu-Basis.

Darüber hinaus gibt es eine ganze Reihe von biologieorientierten Programmen / Tools für Ubuntu, die hier aufgelistet und ausgearbeitet werden .

Es gibt meines Wissens keine spezialisierte Distribution für diesen Zweck.

(Es gibt eine Distribution mit dem Namen Scientific Linux , die auf RedHat / Centos basiert. Sie wurde jedoch größtenteils von High Energy Physics entwickelt und zielt darauf ab (und verfügt über keine allgemeinen Fähigkeiten, die in Ubuntu fehlen).)

Es gibt eine Biologiekategorie (unter Wissenschaft / Technik) mit einer Sammlung von Paketen, obwohl die Anzahl der mit Ubuntu gepackten wissenschaftlichen Spezialanwendungen relativ gering ist (und ich gehe davon aus, dass dies auch für andere Distributionen gilt, die Sie sich ansehen könnten). Science + Engineering / Biology listet einige auf, scheint aber nicht auf dem neuesten Stand zu sein.

Allerdings bieten viele wissenschaftliche Tools, obwohl sie nicht in den offiziellen Repositories enthalten sind, Ubuntu-kompatible (.deb) Pakete an, die Sie herunterladen können (z. B. libSBML ) oder generische Linux-Binärdateien (z. B. Copasi ), oder sind plattformneutral (in Java geschrieben). python etc) und sollte daher in Ubuntu recht problemlos laufen (zB ImageJ ).

Ich benutze Ubuntu für die computerbiologische Arbeit, obwohl dies hauptsächlich die Arbeit mit Allzweckwerkzeugen (z. B. R, Python) und nicht mit Spezialanwendungen umfasst.

Ich sehe, dass es mehrere Ubuntu Science-Remixe gibt, aber sie scheinen alle gestorben zu sein. Dies scheint bei vielen Ubuntu-Remixen der Fall zu sein, da sie oft nur eine geringe Menge bieten, um einige Anwendungen automatisch zu installieren, sodass sie nicht die kritische Masse erhalten, die die Entwickler benötigen, um sie auf dem neuesten Stand zu halten .

Mein Vorschlag wäre, eine solide, wissenschaftlich fundierte Distribution wie Scientific Linux zu verwenden , die von Fermilab, CERN usw. verwendet (und entwickelt) wird Unterstützung durch die wissenschaftliche Gemeinschaft. Leider basiert es auf Red Hat, sodass es möglicherweise nicht Ihren Anforderungen entspricht.

Wenn Sie Ubuntu verwenden müssen, stehen in den Repos mehrere wissenschaftliche Anwendungen zur Verfügung. Starten Sie einfach das Ubuntu Software Center und navigieren Sie zu "Science & Engineering" -> Biology. Ich bin mir nicht sicher, wie nützlich diese Programme sind, da es auf meinem Fachwissen beruht. Wenn sie ausreichen, können Sie ein schnelles Bash-Skript einrichten, das sie alle installiert, wenn Sie einen neuen Computer einrichten.