Problem mit einem DNA-Sequenzer

11

Ich habe kürzlich den MinION USB-Genom (DNA) -Sequenzer erhalten, der zu meiner Enttäuschung in Ubuntu nicht richtig zu funktionieren scheint.

Ich verwende die Version 12.04 von Ubuntu. Der Sequenzer wird vom mitgelieferten Skript / Treiber ordnungsgemäß erkannt, scheint das Sample jedoch nicht erkennen zu können.

Ich füge den Screenshot des Prozesses hinzu. Jede Hilfe wäre sehr dankbar!

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

drivers usb

— Richard Rodriguez
quelle

1

Versuchen Sie, das Skript- / Beispielsammelprogramm als Root mitgksu

— Reinstate Monica - ζ--

Wirft das Gerät einige nützliche Nachrichten in / var / log / syslog oder so?

— Christian

2

Da das Gerät vom Skript ordnungsgemäß erkannt wird, ist es wahrscheinlicher, dass Ihr Problem auf der Seite des Gensequenzers liegt, als dass es sich um ein Ubuntu-Problem handelt. Gibt es andere Dienstprogramme, mit denen Sie mit Ihrem Sequenzer über andere Funktionen kommunizieren können, z. B. eine Kalibrierungsroutine? Wenn Ubuntu mit der Maschine kommunizieren und sie dazu bringen kann, andere Dinge zu tun, würde ich erwarten, dass das Problem eher beim Gensequenzer als beim Computer liegt. Ein weiterer möglicher Test besteht darin, ein anderes Betriebssystem zu verwenden, sofern Software verfügbar ist. Stellen Sie schließlich sicher, dass Ihr Sequenzer über die neueste Firmware verfügt und dass die Software, mit der Sie eine Verbindung herstellen, auf dem neuesten Stand ist.

— Danbsmith
quelle

Es gibt noch eine andere Sache, über die ich spekulieren werde, nämlich, dass das Ausführen von der Shell möglicherweise nicht das Beste aus der Priorität herausholt. Dies ist ein Oxford-Nanoporen-Sequenzer, der eine vollständige Authentifizierung benötigt, bevor er in sein Raster aufgenommen werden kann. Er hat nicht genügend Informationen, um die Probe auszuführen und darauf zuzugreifen - das denke ich.

— all4naija

Dies ist ein in sich geschlossener DNA-Sequenzer. Die Schnittstelle ist höchstwahrscheinlich ein normaler USB-Adapter für die serielle Schnittstelle, mit dem das bereitgestellte Skript spricht - was anscheinend ordnungsgemäß funktioniert. Ich bin damit einverstanden, dass das Problem wahrscheinlich am Ende des Sequenzers liegt und nicht an der Schnittstelle zum Computer. GridION ist keine "Cloud Computing" -Plattform, sondern eine parallele Reihe von Gensequenzierern für größere Aufträge.

— Adrian

Für weitere Informationen: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/...

— all4naija

1

Eine wilde Vermutung: Könnte es ein Berechtigungsproblem sein? Einige Geräte funktionieren für einige Vorgänge einwandfrei, wenn sie als normaler Benutzer ausgeführt werden, erfordern jedoch rootBerechtigungen, um andere Vorgänge auszuführen. Sie könnten also versuchen, sudo ./gseqherauszufinden, ob dies hilfreich ist. Wenn dies hilft, Sie aber nicht die rootganze Zeit ausführen möchten , können Sie die Gerätedatei (en) aufspüren und ihre Berechtigungen ändern, um sich mit Ihrem normalen Konto Zugriff auf das Gerät zu verschaffen. Dies würde wahrscheinlich das Erstellen von udev-Regeln beinhalten. Ich werde hier nicht darauf eingehen, da diese Lösung ein bisschen langwierig ist.

— Rod Smith
quelle

0

Ist es möglich, dass die 6-Stunden-Lebensdauer des Geräts überschritten wurde? Es ist wahrscheinlich, dass es sich eher um einen Gerätefehler oder ein Prozessproblem handelt. Der technische Support von MinION sollte möglicherweise Ihr Hauptansprechpartner sein, um dieses Problem zu beheben, da das Programm anscheinend mit dem Gerät kommuniziert.

Chris

— Hersteller4
quelle