Der einzige große Unterschied zwischen der Installation über das Software Center oder eine andere Benutzeroberfläche und der Ausführung über die Befehlszeile besteht darin, wann etwas schief geht.
In den meisten Fällen werden Installationsfehlermeldungen ausgeblendet und geben nur eine allgemeine Meldung aus, dass dies nicht funktioniert hat. Wenn Sie dies über die Befehlszeile tun, werden alle generierten Nachrichten angezeigt. Diese Informationen können häufig verwendet werden, um das Problem zu beheben, oder sie geben Aufschluss darüber, warum Sie das Problem wahrscheinlich nicht beheben möchten. Die Installation des Pakets würde z. B. andere bereits installierte Pakete beschädigen oder deinstallieren.
Manchmal kann ein Paket nicht installiert werden, nur weil eine seiner Abhängigkeiten nicht installiert ist (und die reguläre Installation behebt dies nicht automatisch wie die meisten anderen). In diesem Fall können Sie das fehlende Paket oftmals einfach zuerst installieren, und die Installation ist dann erfolgreich.
Außerdem informiert Sie apt-get über andere zugehörige Pakete, die zusammen mit Ihrem Paket "empfohlen" werden, damit Sie sie nachschlagen und sehen können, ob Sie eines von ihnen möchten.
Außerdem werden zuvor installierte Pakete aufgeführt, die wahrscheinlich nicht mehr benötigt werden, und Sie erfahren, wie Sie sie entfernen können.
Sie sollten keine Pakete in einem dieser beiden letzten Schritte hinzufügen / löschen, ohne die betreffenden Pakete sorgfältig zu prüfen. In der Regel ist dies jedoch sicher.
In Ubuntu 12.04 werden neu installierte Apps standardmäßig zum Launcher hinzugefügt. Dies gilt jedoch nur für Apps, die über das Software Center installiert wurden.