Wie kompiliere ich OpenMM?


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Ich installiere OpenMM gemäß den Installationsanweisungen im OpenMM-Benutzerhandbuch .

Info: Das Testen kann nicht abgeschlossen werden, da ich nur 62% der Testziele abgeschlossen habe. Siehe unten.

Problembeschreibung

make install(oder sudo make install) gibt die folgende Meldung aus:

(base) bcramer@schrodinger:~/build_openmm$ make install
[ 62%] Built target ApiWrappers
[ 62%] Built target OpenMM
 ..............etc..........
[ 62%] Built target TestSerializeDrudeLangevinIntegrator

make[2]: *** No rule to make target '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so', needed by 'libOpenMMCudaCompiler.so'.  Stop.
CMakeFiles/Makefile2:7253: recipe for target 'plugins/cudacompiler/CMakeFiles/OpenMMCudaCompiler.dir/all' failed
make[1]: *** [plugins/cudacompiler/CMakeFiles/OpenMMCudaCompiler.dir/all] Error 2
Makefile:140: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Aufgrund des Fehlers habe ich Folgendes verwendet:

stat /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so
stat: cannot stat '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so': No such file or directory

Danach habe ich benutzt:

sudo apt-file search /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so

Dies gab die Antwort:

libnvrtc9.1: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so.9.1
libnvrtc9.1: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so.9.1.85
nvidia-cuda-dev: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so

Als ich rannte

cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/

Die Datei libnvrtc.sowar im angegebenen Verzeichnis nicht vorhanden.

Ich habe den folgenden Pfad in die bashUmgebung aufgenommen, um Folgendes einzuschließen libnvrtc.so:

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.2/lib64/stubs:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH

Die Datei libnvrtc.soist in vorhanden /usr/local/cuda-9.2/lib64.

Wenn ich stat /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.soerneut renne, erhalte ich weiterhin die Nachricht:

stat: cannot stat '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so': No such file or directory

Frage: Wie kann ich dieses Problem lösen, damit es make installfunktioniert?

Antworten:


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Ich würde vorschlagen, die entsprechenden Pakete mit zu installieren

sudo apt install nvidia-cuda-dev libnvrtc9.1

Wenn dies fehlschlägt, schlage ich vor, CUDA aus zu entfernen, /usr/local/cuda-9.2um reproduzierbare Ergebnisse zu erzielen .

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