R 3.5.0-Installationspakete für Ubuntu Xenial (16.04) sind auf den Ubuntu Mirror-Sites noch nicht vorhanden. Gibt es eine alternative Methode zum Aktualisieren von R auf 3.5.0 auf Ubuntu Xenial? Alternativ gibt es eine andere Methode zum Aktualisieren von R auf 3.5.0?

R 3.5 ist derzeit nur über eine PPA erhältlich, da einige CRAN-Pakete Probleme beim Erstellen mit R 3.5 haben.

Fahren Sie auf eigenes Risiko fort.

Das Verfahren, das bei mir funktioniert hat, ist:

1. Entfernen Sie alle r-cran-*Pakete von Ihrem System (YMMV, normalerweise installiere ich Pakete aus dem Quellcode und habe nur sehr wenige davon)

   • Suche mit dpkg -l | grep r-cran-

2. Füge Michael Rutters PPA hinzu :

   sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
   sudo apt-get update
   

3. Rüste R auf

   sudo apt install r-api-3.5
   

4. Installieren Sie alle benötigten Pakete von der Quelle (in eine persönliche oder Site-Bibliothek über install.packages()) oder indem Sie das entsprechende r-cran-*Ubuntu-Paket installieren .

   Ich verwende das folgende Skript, um alle Pakete neu zu installieren, die meine Pakete aus meiner persönlichen Websitebibliothek für R 3.4 enthalten:

   installed <- rownames(installed.packages())
   pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
   new <- setdiff(pkgs, installed)
   new
   install.packages(new)

   Wenn Sie eine Maschine mit mehreren CPUs haben, können Sie den Vorgang beschleunigen, zum Beispiel:

   install.packages(new, Ncpus = 6)
   

Verweise

• Antwort von Dirk Eddelbuettel auf eine ähnliche Anfrage in der R-SIG-Debian-Mailingliste

• Verwandte SO Frage

Die CRAN-Site wurde seit der Antwort von @ krlmlr Anfang Juni aktualisiert: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Die CRAN-Anweisungen haben mehrere Schritte, aber die Zusammenfassung lautet, dass die sources.listDatei auf ein Repository verweisen sollte, das spezifisch für Version 3.5.x und 3.6.x ist. Der Eintrag ist so etwas wie

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

anstelle des vorherigen (versionslosen) Eintrags von

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Die relevante Beschreibung von der Website (die sich eventuell ändern wird):

R 3.6-Pakete für Ubuntu auf i386 und amd64 sind für die stabilsten Desktop-Versionen von Ubuntu bis zum offiziellen Ablaufdatum verfügbar. Es wird jedoch nur die neueste LTS-Version (Long Term Support) vollständig unterstützt. Ab dem 18. November 2018 werden Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) und Disco Dingo (19.04) unterstützt. Beachten Sie, dass zur Installation von R 3.6-Paketen ein anderer Eintrag für sources.list erforderlich ist. Siehe unten für Details. Obwohl R auf Version 3.6 umgestellt wurde, verwendet der Eintrag sources.list aus Kompatibilitätsgründen weiterhin die Bezeichnung cran3.5.

edit 13.05.2019: Update für die Veröffentlichung von R 3.6.0 im letzten Monat.

Die xenial-cran35/Version des Repos funktioniert NICHT, wenn Sie ein "Standard-Release" in apt gesetzt haben, wie es in einigen Distributionen der Fall ist, die auf Ubuntu laufen, wie zum Beispiel Mint. Für meine Mint-Distribution gibt es eine Datei, /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntuin der deklariert wird, Default-Release "xenial"; was dies bedeutet: Da R-Base im Ubuntu-Repo in Version 3.2 mit dem Release "xenial" vorhanden ist, wird der 3.6-Zweig aus der nicht verwendet Anderes Repo, da der Release-Name für dieses Repo "xenial-cran35" lautet. Sie müssen diese Datei bearbeiten, um das Standard-Release auf "xenail-cran35" zu ändern, oder mit Apt-Einstellungsdateien ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ) etwas genaueres tun .

Dies ist im Grunde Rs Fehler für ein schlecht formatiertes Repo. Sie hätten 2 Repos haben sollen, von denen jedes einen "xenial" -Versionsordner hatte, eine URL für ihre 3.2-Verzweigungsarbeit und eine für die 3.5+ -Zweigungsarbeit. Stattdessen haben sie ein Repo und haben stattdessen den "Release-Namen" bastardisiert, was für Base-Ubuntu nur irgendwie funktioniert, aber nicht funktioniert, wenn Sie eine Nicht-Base-Konfiguration von apt auf diese Weise haben.

Das muss aktuell so gemacht werden:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'Bionic' kann in Ihre Ubuntu-Version geändert werden. Überprüfen Sie die R-Dokumente: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

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