Ist dies eine möglicherweise gefährliche Situation?
Ja. Die Frage ist, wie groß das Gefahrenpotential tatsächlich ist, und ich vermute, dass es ziemlich klein ist.
Die Schengen-Codes geben keinen Anlass zur Besorgnis über Ihren Plan. Sie sagen lediglich, dass Aufenthalte, die mit einem Visum für einen längeren Aufenthalt genehmigt wurden, bei der Berechnung der 90/180-Tage-Frist für ein Visum für einen kürzeren Aufenthalt nicht berücksichtigt werden.
Aber auch nationale Gesetze sind relevant. Wenn die portugiesischen Behörden der Meinung sind, dass Sie einen Einreisestempel auf Ihrem D-Visum haben müssen, bevor Ihre Anwesenheit in Portugal mit diesem Visum als "genehmigt" eingestuft werden kann, kann dies zu Problemen führen.
Die in Ihrer Frage zum Ausdruck gebrachte allgemeinere Besorgnis, dass Sie möglicherweise zu lange nachgelassen haben, ist nicht besonders besorgniserregend. Wenn jemand Ihre Bewegungen in und aus dem Bereich betrachtet, können Sie beide Pässe verwenden, um festzustellen, wann Sie ein- und ausgegangen sind. Es ist nicht erforderlich, dass sich ein Ausreisestempel im selben Pass wie der Einreisestempel befindet. Wenn Sie nach über 90 Tagen im Schengen-Raum abreisen, müssen Sie möglicherweise beide Pässe vorzeigen, da einer den Einreisestempel und der andere Ihr Visum hat.
Um das Problem zu umgehen, können Sie den Schengen-Raum verlassen, nachdem Sie den Reisepass mit dem Visum erhalten haben, aber bevor Sie 90 Tage dort waren. Zeigen Sie bei Ihrer Abreise den Reisepass mit dem Einreisestempel und bei Ihrer Rückkehr den Reisepass mit dem Visum.