Wenn es sich um ein persönliches Projekt handelt, speichere ich die Einstellungen in der Quellcodeverwaltung. Persönlich tötet nichts meine Motivation für ein Projekt mehr als das erneute Einrichten einer Entwicklungsumgebung.
Wenn mehr Leute involviert sind, setze ich diese Dinge nicht in die Quellcodeverwaltung ein. In meinem Team wird eine Mischung aus IntelliJ, Sublime Text und Eclipse verwendet. IDE-Dateien sorgen nur für Unordnung und führen dazu, dass Commits für eine IDE, die Sie nicht verwenden, von anderen Personen auf diese Dateien übertragen werden.
Außerdem sollte Ihr Projekt sowieso nicht von der IDE abhängig sein. Ein Build-Server startet Eclipse nicht, um Ihr Produkt zu kompilieren. Daher sollte es bereits IDE-frei sein. Ein kleinerer Punkt: Es beseitigt die persönliche Organisation innerhalb des Projekts. Zum Beispiel verwende ich in IntelliJ gerne viele Module in unserem Projekt. Niemand, der IntelliJ verwendet, macht sich darüber Sorgen, da wir die IML-Dateien (Moduldateien) nicht speichern.
Wenn Ihr Team dieselbe IDE verwendet, ist es besser, aber dann schreibt jemand einen fehlerhaften .classpath-Eintrag fest, weil er einen absoluten Pfad verwendet hat. Jetzt macht sich jeder, der die IDE verwendet, Sorgen.
Sicher, der Nachteil ist, dass es mehr Setup gibt, wenn jemand das Projekt auscheckt. Ich denke es lohnt sich. Wir verwenden Ivy für das Abhängigkeitsmanagement und verfügen über Informationen zu Einrichtung, Abhängigkeiten usw. Trotz dieser Vorabkosten halte ich es für sinnvoll, die IDE-Einstellungen außerhalb der Quellcodeverwaltung zu halten.