Wie so oft bei der Berechnung ist die Antwort (a) aufgrund historischer Umstände und der Notwendigkeit, die Abwärtskompatibilität aufrechtzuerhalten, und (b) weil einige Methoden für einige Aufgaben besser geeignet sind als andere.
Auf (a) müssen Sie sich daran erinnern, dass das "Winchester-Laufwerk" - ich bin gerade so alt, dass ich mich daran erinnern kann, dass sie so genannt wurden - (was der Rest der Welt eine "Festplatte" nennt) nur etwa die Hälfte der Zeit existiert hat Zeit des elektronischen Rechnens und selbst dann war es aus Kostengründen für die meisten Benutzer nicht einmal so lange zugänglich. Das FAT-Dateisystem funktionierte gut auf Disketten und auch auf den ursprünglichen kleinen Festplatten, da es einigermaßen effizient war und einen geringen Overhead erforderte. Sobald es in Betrieb genommen wurde - und seine Verwendung weit verbreitet war, weil es einfach zu implementieren war -, konnten die Hersteller seinen Benutzern nicht mitteilen, dass ihre alten Daten plötzlich ungültig waren.
Für Linux-Benutzer beispielsweise ließ die Entwicklung eines stabilen NTFS-Treibers nicht lange auf sich warten, sodass Geräte, die als FAT formatiert waren, systemübergreifend gelesen und geschrieben werden konnten.
Zu (b) - Denken Sie an die Unterschiede zwischen einem System, in dem beispielsweise Milliarden von textbasierten Datenbankeinträgen gespeichert sind, und einem System, in dem Mediendateien in DVD-Länge gespeichert sind. Für die Datenbank kann jeder Datensatz sehr klein sein - vielleicht nur 30 oder 40 Bytes, und ein Dateisystem, das ein ganzes 'Segment' (wie auch immer Sie das definieren möchten) der Festplatte zuweist, verschwendet wahrscheinlich Speicherplatz. Nicht so bei den DVDs - größere "Segmente" (innerhalb der Vernunft offensichtlich) dürften in Bezug auf den Platz hocheffizient sein.
Unterschiedliche Dateisysteme sind also für unterschiedliche Zwecke konzipiert.