Über die Dropbox-Benutzeroberfläche können Sie gezielt steuern, welche Ordner synchronisiert werden sollen. Kann das irgendwie auch von der Kommandozeile aus gemacht werden?
Hintergrund: Ich probiere die hier aufgeführten Lösungen für die Installation von Dropbox auf einem Linux-Server aus und es scheint gut zu funktionieren: http://ubuntuservergui.com/ubuntu-server-guide/install-dropbox-ubuntu-server