Was ist der beste Weg, um R-Skripte in der Befehlszeile (Terminal) zu verwenden?

Es ist sehr praktisch, R-Skripte für einfache Diagramme über die Befehlszeile zu haben. Das Ausführen von R über Bash-Skripte ist jedoch überhaupt nicht bequem. Das Ideal könnte so etwas sein

#!/path/to/R
...

oder

#!/usr/bin/env R
...

aber ich war nicht in der Lage, eine dieser Arbeiten zu machen.

Eine andere Möglichkeit besteht darin, die Skripte z. B. in R zu script.Rbelassen und sie mit R --file=script.Roder ähnlichem aufzurufen . Gelegentlich stützt sich ein Skript jedoch auf undurchsichtige Befehlszeilenoptionen, an denen ein Teil des Codes außerhalb des Skripts vorhanden ist. Beispiel: Wenn Sie Dinge von Bash über ein lokales .R-Profil in R schleichen, sind die gewünschten Schalter dann alles --vanillaaußer --no-init-file.

Eine andere Option ist ein Bash-Skript, um die R-Flags zu speichern und schmerzlos ausführbar zu sein, das dann das R-Skript aufruft. Das Problem ist, dass dies bedeutet, dass ein einzelnes Programm gerade in zwei Dateien aufgeteilt wurde, die jetzt synchron gehalten, zusammen auf neue Computer übertragen werden müssen usw.

Die Option, die ich derzeit am wenigsten verachte, ist das Einbetten des R in ein Bash-Skript:

#!/bin/bash
... # usage message to catch bad input without invoking R
... # any bash pre-processing of input
... # etc
R --random-flags <<RSCRIPT
# R code goes here
RSCRIPT

Alles ist in einer einzigen Datei. Es ist ausführbar und kann problemlos mit Argumenten umgehen. Das Problem ist, dass das Kombinieren von Bash und R auf diese Weise die Möglichkeit, dass eine IDE auf der einen oder anderen Seite nicht ausfällt, so gut wie ausschließt und mein Herz sehr weh tut.

Gibt es einen besseren Weg, den ich vermisse?

Inhalt von script.r:

#!/usr/bin/env Rscript

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
message(sprintf("Hello %s", args[1L]))

Die erste Zeile ist die Shebang-Zeile . Es wird /usr/bin/env Rscriptempfohlen, den Pfad zu Ihrer R-Installation zu verwenden, anstatt ihn fest zu codieren. Andernfalls besteht die Gefahr, dass Ihr Skript auf anderen Computern beschädigt wird.

Machen Sie es als nächstes ausführbar (in der Befehlszeile):

chmod +x script.r

Aufruf über die Kommandozeile:

./script.r world
# Hello world

Versuchen Sie es kleiner . littlerBietet Hash-Bang-Funktionen (dh ein Skript, das mit #! / some / path beginnt) für GNU R sowie eine einfache Befehlszeilen- und Piping-Verwendung.

Die Antwort von Miguel Sanchez ist so, wie sie sein sollte. Die andere Möglichkeit, Rscript auszuführen, könnte der Befehl 'env' sein, um das systemweite RScript auszuführen.

#!/usr/bin/env Rscript

#!/path/to/Rfunktioniert nicht, weil R selbst ein Skript ist, also execveunglücklich ist.

ich benutze R --slave -f script

Wenn Sie Befehlszeilenargumente in ein R-Skript analysieren möchten, versuchen Sie es mit RScript, das ab Version 2.5.x mit R gebündelt ist

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

Das funktioniert,

#!/usr/bin/Rscript

Ich weiß jedoch nicht, was passiert, wenn auf Ihrem Computer mehr als eine Version von R installiert ist.

Wenn du es so machst

#!/usr/bin/env Rscript

Es weist den Interpreter an, nur das zu verwenden, was zuerst auf Ihrem Pfad angezeigt wird.

Wenn das Programm, mit dem Sie Ihr Skript ausführen, Parameter benötigt, können Sie diese am Ende des # einfügen! Linie:

#!/usr/bin/R --random --switches --f

Da ich R nicht kenne, kann ich nicht richtig testen, aber das scheint zu funktionieren:

axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$

Nur eine Anmerkung zu diesem Beitrag. Spätere Versionen von Rscheinen Rscriptetwas begraben zu haben . Für R 3.1.2-1 unter OSX heruntergeladen Jan 2015 fand ich Rscriptin

/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

Anstelle von so etwas #! /sw/bin/Rscriptmusste ich also oben in meinem Skript Folgendes verwenden.

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

Das locate Rscriptkönnte für Sie hilfreich sein.

Möglicherweise möchten Sie das rpy2-Modul von Python verwenden. Der "richtige" Weg, dies zu tun, ist jedoch mit R CMD BATCH. Sie können dies ändern, um in STDOUT zu schreiben. Standardmäßig wird jedoch in eine .Rout-Datei geschrieben. Siehe Beispiel unten:

[ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721

Hinweis: Sie sollten --vanilla und andere Optionen ausprobieren, um alle Start-Cruft zu entfernen.

Versuchen Sie smallR, um schnelle R-Skripte in die Befehlszeile zu schreiben:

http://code.google.com/p/simple-r/

( rBefehl im Verzeichnis)

Das Plotten über die Befehlszeile mit smallR würde folgendermaßen aussehen:

r -p file.txt

Das Folgende funktioniert für mich mit MSYS Bash unter Windows - ich habe kein R auf meiner Linux-Box, kann es dort also nicht ausprobieren. Sie benötigen zwei Dateien - die erste mit dem Namen runr führt R mit einem Dateiparameter aus

# this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=$1

Sie müssen dies mit chmod + x runr ausführbar machen .

Dann in Ihrer Skriptdatei:

#!runr
# some R commands
x = 1
x

Beachten Sie das #! Die runr-Zeile muss möglicherweise den vollständigen Pfad zu runr enthalten, je nachdem, wie Sie den Befehl verwenden, wie Ihre PATH-Variable festgelegt ist usw.

Nicht schön, aber es scheint zu funktionieren!