Ich bin immer noch ein Anfänger in Git, und es war nur ein dummer Fehler, den ich gemacht habe, lange Geschichte in einem Satz. Ich war nicht in einem Unterordner, wie @gaoagong berichtete, sondern umgekehrt in einem übergeordneten Ordner. Seltsamerweise kam mir die Idee aus dieser Antwort nicht, stattdessen kam die Idee beim Testen auf git add --all, siehe die lange Geschichte unten.
Beispiel im Detail.
Tatsächliches Repo:

Der übergeordnete Ordner, den ich versehentlich auf übergeordneter Ebene geöffnet hatte (in meinem Fall vscode_git):

Ich hatte ein Repo geklont, aber ich hatte einen übergeordneten Ordner über diesem Repo, den ich stattdessen geöffnet hatte, und dann versuchte ich, eine Datei des Repos des Unterordners mit hinzuzufügen git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', die einfach nichts tat, keine Warnmeldung, und das git statussagte danach:
Es wurde nichts zum Festschreiben hinzugefügt, aber nicht verfolgte Dateien sind vorhanden (verwenden Sie "git add", um zu verfolgen).

Laufen git add --allgab mir die gelben Noten:
Warnung: Hinzufügen eines eingebetteten Git-Repositorys: vscode-java das eingebettete Repository und weiß nicht, wie man es erhält.
Hinweis: Wenn Sie ein Submodul hinzufügen möchten, verwenden Sie: git submodule add vscode-java
Hinweis: Wenn Sie diesen Pfad versehentlich hinzugefügt haben, können Sie ihn mit git rm --cached vscode-java aus dem Index entfernen
Weitere Informationen finden Sie unter "git help submodule"

Um dies zu beheben, kehrte ich git add --allmit git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

Öffnen Sie dann einfach den eigentlichen Repo-Ordner.

Der Idiot funktionierte wieder wie erwartet. Natürlich könnte der Ordner ".git" des übergeordneten Ordners dann gelöscht werden:
