Fehler: Funktion konnte nicht gefunden werden… in R.

Dies soll eine FAQ-Frage sein, bitte seien Sie so vollständig wie möglich. Die Antwort ist eine Community-Antwort. Sie können sie also jederzeit bearbeiten, wenn Sie der Meinung sind, dass etwas fehlt.

Diese Frage wurde auf Meta diskutiert und genehmigt.

Ich benutze R und habe es versucht, some.functionaber ich habe folgende Fehlermeldung erhalten:

Error: could not find function "some.function"

Diese Frage taucht sehr regelmäßig auf. Wenn Sie diese Art von Fehler in R erhalten, wie können Sie ihn beheben?

Es gibt einige Dinge, die Sie überprüfen sollten:

1. Haben Sie den Namen Ihrer Funktion richtig geschrieben? Bei Namen wird zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden.
2. Haben Sie das Paket installiert, das die Funktion enthält? install.packages("thePackage")(Dies muss nur einmal durchgeführt werden)
3. Haben Sie dieses Paket an den Arbeitsbereich angehängt? require(thePackage)oder library(thePackage)(dies sollte jedes Mal erfolgen, wenn Sie eine neue R-Sitzung starten)
4. Verwenden Sie eine ältere R-Version, in der diese Funktion noch nicht vorhanden war?

Wenn Sie nicht sicher sind, in welchem ​​Paket sich diese Funktion befindet, können Sie einige Dinge tun.

1. Wenn Sie sicher sind, dass Sie das richtige Paket installiert und angehängt / geladen haben, geben Sie help.search("some.function")oder ??some.functionein Informationsfeld ein, in dem angegeben wird, in welchem ​​Paket es enthalten ist.
2. findund getAnywherekann auch zum Auffinden von Funktionen verwendet werden.
3. Wenn Sie keine Ahnung von dem Paket haben, können Sie es findFnin dem sosPaket verwenden, wie in dieser Antwort erläutert .
4. RSiteSearch("some.function")oder die Suche mit rdocumentation oder rseek sind alternative Möglichkeiten, um die Funktion zu finden.

Manchmal müssen Sie eine ältere Version von R verwenden, aber Code ausführen, der für eine neuere Version erstellt wurde. Neu hinzugefügte Funktionen (zB hasName in R 3.4.0) werden dann nicht gefunden. Wenn Sie eine ältere R-Version verwenden und eine neuere Funktion verwenden möchten, können Sie die Paket- Backports verwenden , um solche Funktionen verfügbar zu machen. Sie finden auch eine Liste der Funktionen, die auf dem Git-Repo von Backports zurückportiert werden müssen . Beachten Sie, dass R-Versionen, die älter als R3.0.0 sind, nicht mit Paketen kompatibel sind, die für R3.0.0 und spätere Versionen erstellt wurden.

Ein weiteres Problem bei Vorhandensein eines NAMESPACE besteht darin, dass Sie versuchen, eine nicht exportierte Funktion aus dem Paket foo auszuführen .

Zum Beispiel (erfunden, ich weiß, aber):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

Erstens sollten Sie S3-Methoden nicht direkt aufrufen, sondern nehmen an, dass plot.prcompes sich tatsächlich um eine nützliche interne Funktion in Paket foo handelt . Um eine solche Funktion aufzurufen, wenn Sie wissen, was Sie tun, müssen Sie Folgendes verwenden :::. Sie müssen auch den Namespace kennen, in dem sich die Funktion befindet. Mit getAnywhere()wir feststellen , dass die Funktion in Paket - Statistik :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

So können wir es jetzt direkt aufrufen mit:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Ich habe plot.prcompnur als Beispiel verwendet, um den Zweck zu veranschaulichen. Im normalen Gebrauch sollten Sie solche S3-Methoden nicht aufrufen. Aber wie gesagt, wenn die Funktion, die Sie aufrufen möchten, vorhanden ist (es könnte sich beispielsweise um eine versteckte Dienstprogrammfunktion handeln), sich jedoch in a befindet namespace, meldet R, dass die Funktion nur gefunden werden kann, wenn Sie ihr mitteilen, in welchem ​​Namespace gesucht werden soll .

Vergleichen Sie dies mit dem Folgenden: stats::plot.prcomp Das Obige schlägt fehl, da es während der statsVerwendung plot.prcompnicht exportiert wird, statswie der Fehler zu Recht sagt:

Fehler: 'plot.prcomp' ist kein exportiertes Objekt aus 'namespace: stats'

Dies ist wie folgt dokumentiert:

pkg :: name gibt den Wert des exportierten Variablennamens im Namespace pkg zurück, während pkg ::: name den Wert des internen Variablennamens zurückgibt.

Normalerweise kann ich dieses Problem lösen, wenn ein Computer unter meiner Kontrolle steht, aber es ist eher ein Ärgernis, wenn ich mit einem Raster arbeite. Wenn ein Grid nicht homogen ist, werden möglicherweise nicht alle Bibliotheken installiert, und ich habe oft die Erfahrung gemacht, dass ein Paket nicht installiert wurde, weil keine Abhängigkeit installiert wurde. Um dies zu beheben, überprüfe ich Folgendes:

1. Ist Fortran installiert? (Suchen Sie nach 'gfortran'.) Dies betrifft mehrere Hauptpakete in R.
2. Ist Java installiert? Sind die Java-Klassenpfade korrekt?
3. Überprüfen Sie, ob das Paket vom Administrator installiert und für den entsprechenden Benutzer verfügbar ist. Manchmal installieren Benutzer Pakete an den falschen Stellen oder führen sie ohne entsprechenden Zugriff auf die richtigen Bibliotheken aus. .libPaths()ist ein guter Scheck.
4. Überprüfen Sie die lddErgebnisse für R, um sicherzugehen, dass gemeinsam genutzte Bibliotheken vorhanden sind
5. Es ist gut, regelmäßig ein Skript auszuführen, das nur jedes benötigte Paket lädt und einige kleine Tests durchführt. Dadurch wird das Paketproblem so früh wie möglich im Workflow behoben. Dies ist vergleichbar mit Build-Tests oder Unit-Tests, außer dass es sich eher um einen Rauchtest handelt, um sicherzustellen, dass die grundlegenden Dinge funktionieren.
6. Wenn Pakete an einem netzwerkfähigen Ort gespeichert werden können, oder? Wenn dies nicht möglich ist, gibt es eine Möglichkeit, konsistente Versionen auf allen Computern sicherzustellen? (Dies mag OT erscheinen, aber die korrekte Paketinstallation beinhaltet die Verfügbarkeit der richtigen Version.)
7. Ist das Paket für das angegebene Betriebssystem verfügbar? Leider sind nicht alle Pakete plattformübergreifend verfügbar. Dies geht zurück zu Schritt 5. Wenn möglich, versuchen Sie, einen Weg zu finden, um mit einem anderen Betriebssystem umzugehen, indem Sie zu einer geeigneten Version eines Pakets wechseln oder in bestimmten Fällen die Abhängigkeit ausschalten.

Einige dieser Schritte werden ziemlich routinemäßig. Obwohl # 7 als guter Ausgangspunkt erscheint, werden diese in ungefährer Reihenfolge der Häufigkeit aufgelistet, in der ich sie verwende.

Wenn dies auftritt, während Sie Ihr Paket überprüfen (R CMD-Prüfung), sehen Sie sich Ihren NAMESPACE an.

Sie können dieses Problem lösen, indem Sie dem NAMESPACE die folgende Anweisung hinzufügen:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Dies exportiert alles, was nicht mit einem Punkt (".") Beginnt. Auf diese Weise können Sie Ihre versteckten Funktionen beginnend mit einem Punkt haben:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

Ich hatte den Fehler

Fehler: Funktion konnte nicht gefunden werden some.function

passiert, wenn eine R CMD-Prüfung eines Pakets durchgeführt wird, das ich mit RStudio erstellt habe. Ich fand das Hinzufügen

exportPattern (".")

in die NAMESPACE-Datei hat den Trick gemacht. Als Nebenbemerkung hatte ich RStudio zunächst so konfiguriert, dass ROxygen für die Dokumentation verwendet wurde - und die Konfiguration ausgewählt, in der ROxygen meine NAMESPACE-Datei für mich schreiben würde, wodurch meine Änderungen immer wieder gelöscht wurden. In meinem Fall habe ich NAMESPACE in der Roxygen-Konfiguration deaktiviert und exportPattern (".") Zu NAMESPACE hinzugefügt, um diesen Fehler zu beheben.

Dieser Fehler kann auch dann auftreten, wenn der Name der Funktion gültig ist, wenn einige obligatorische Argumente fehlen (dh Sie haben nicht genügend Argumente angegeben).
Ich habe dies in einem Rcpp-Kontext erhalten, in dem ich eine C ++ - Funktion mit optionalen Argumenten geschrieben und diese Argumente in R nicht angegeben habe. Es schien, dass optionale Argumente aus C ++ von R als obligatorisch angesehen wurden. Infolgedessen konnte R nicht finden eine Übereinstimmungsfunktion für den richtigen Namen, aber eine falsche Anzahl von Argumenten.

Rcpp-Funktion: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R-Aufrufe: Löst
RcppFunction(0)den Fehler
RcppFunction(0, 0)nicht aus

Rdocumentation.org verfügt über eine sehr praktische Suchfunktion, mit der Sie unter anderem Funktionen finden können - sowohl aus allen CRAN-Paketen als auch aus Paketen von Bioconductor und GitHub.

Wenn Sie verwenden, müssen parallelMapSie benutzerdefinierte Funktionen in die Slave-Jobs exportieren. Andernfalls wird die Fehlermeldung "Funktion konnte nicht gefunden werden" angezeigt.

Wenn Sie eine nicht fehlende Ebene für parallelStartdasselbe Argument festlegen, an das übergeben werden soll, parallelExportwird derselbe Fehler angezeigt. Das sollte also genau befolgt werden:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Möglicherweise können Sie diesen Fehler durch den Namensabstand :: den Funktionsaufruf beheben

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

zu

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Ich habe den gleichen Fehler erhalten, ich habe die Version .99xxx ausgeführt, ich habe im Hilfemenü nach Updates gesucht und mein RStudio auf 1.0x aktualisiert, dann ist der Fehler nicht aufgetreten

So einfache Lösung, aktualisieren Sie einfach Ihr R Studio