Caret doparallel in Rmarkdown: Fehlende ausführliche Informationen bei Verwendung von render ()

Ich habe das folgende einfache Beispieldokument Rmarkdown(test.Rmd):

---
title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

Ich habe mehrere Möglichkeiten, diesen Code auszuführen oder das Dokument zu stricken

1. Verwenden Sie in Rstudio 'Alle Chuncks ausführen'
2. Verwenden Sie die KnitSchaltfläche in Rstudio
3. Knit Dokument mit render("test.Rmd")

Folgendes passiert

1. Bei Iterationen werden keine Informationen in der Ausgabe oder in der Konsole gedruckt
2. Informationen werden im R markdownPanel gedruckt
3. In der Konsole werden keine Informationen gedruckt

In dem Projekt, an dem ich arbeite, möchte ich knitdas Dokument mit verschiedenen Parametern bearbeiten , daher möchte ich die letzte Option verwenden. Ich möchte jedoch auch die Fortschritte bei der Anpassung des Modells sehen. Dafür möchte ich Option 3 verwenden.

Wie kann ich die Informationen zu den Iterationen abrufen, die in der Konsole gedruckt werden, wenn die Dokumente gerendert werden?

Dies ist die erwartete Ausgabe, die ich sehen möchte:

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

Dies kann produzieren , was Sie suchen, aus angepasst hier , es repliziert im Wesentlichen , wenn Sie die Verwendung knitTaste in rstudio, die aus dem ausführlichen produziert train, jedoch mit dieser Methode sollten Sie in weitergeben können, parameterszu render. Ändern Sie einfach den Pfad zu wdIhrer rmdDatei

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))

Sie können knit_hookoben in der Rmd-Datei ein hinzufügen, um die Konsolenausgaben zu erfassen und beim Rendern zu drucken.

```{r, include=FALSE}
print_output <- function(x, options) {
  cat(x)
  return(x)
}
knitr::knit_hooks$set(chunk = print_output)
```