Persönlich habe ich einen Ordner für Abhängigkeiten als Teil meiner Projekte und speichere dort referenzierte Bibliotheken.
Ich finde, dass dies das Leben einfacher macht, da ich an einer Reihe verschiedener Projekte arbeite, oft mit voneinander abhängigen Teilen, die dieselbe Version einer Bibliothek benötigen, was bedeutet, dass es nicht immer möglich ist, auf die neueste Version einer bestimmten Bibliothek zu aktualisieren.
Wenn alle Abhängigkeiten zur Kompilierungszeit für jedes Projekt verwendet werden, kann ich nach einigen Jahren, wenn sich die Dinge weiterentwickelt haben, immer noch jeden Teil eines Projekts erstellen, ohne mir Sorgen machen zu müssen, dass andere Teile beschädigt werden. Bei einem Upgrade auf eine neue Version einer Bibliothek müssen lediglich die Datei ersetzt und die zugehörigen Komponenten neu erstellt werden. Dies ist bei Bedarf nicht allzu schwierig zu verwalten.
Trotzdem finde ich, dass die meisten Bibliotheken, auf die ich verweise, relativ klein sind und ein paar hundert kb wiegen, selten größer, was es für mich weniger problematisch macht, sie nur in die Quellcodeverwaltung zu stecken.