Welche Beziehung besteht zwischen der Funktionalität von R Markdown, Knitr, Pandoc und Bookdown?
Was ist konkret die Arbeitsteilung zwischen diesen Paketen bei der Konvertierung von Markup-Dokumenten mit eingebettetem R-Code (z. B. .Rnwoder .Rmd) in endgültige Ausgaben (z. B. .pdfoder .html)? Und wenn Knitr zur Verarbeitung von RMarkdown verwendet wird, was macht das rmarkdownPaket und wie unterscheidet es sich von dem markdown package?
Antworten:
Pandoc ist ein Dokumentenkonverter. Es kann aus einer Anzahl verschiedener Markup - Formate für viele andere Formate wie zu umwandeln .doc, .pdfusw.
Pandoc ist ein Befehlszeilenprogramm ohne GUI. Es handelt sich um eine unabhängige Software, die von R getrennt ist. Sie wird jedoch mit R Studio rmarkdowngeliefert, da sie für die Dokumentkonvertierung verwendet wird.
Pandoc konvertiert nicht nur Dokumente, sondern fügt zusätzlich zur Basis-Markdown-Sprache Funktionen hinzu, um komplexere Ausgaben zu unterstützen.
R Markdown basiert auf Markdown:
Markdown ist eine einfache Markup-Sprache mit einer Syntax zur Formatierung von Klartext, die so konzipiert ist, dass sie in HTML und viele andere Formate konvertiert werden kann. Eine Markdown-Datei ist eine Nur-Text-Datei, die normalerweise die Erweiterung erhält .md.
Wie andere Markup-Sprachen wie HTML und Latex ist es völlig unabhängig von R.
Es gibt keinen klar definierten Markdown-Standard. Dies hat zu einer Fragmentierung geführt, da verschiedene Anbieter ihre eigenen Sprachvarianten schreiben, um Fehler zu korrigieren oder fehlende Funktionen hinzuzufügen.
markdownist ein R-Paket, das .RmdDateien in HTML konvertiert . Es ist der Vorgänger von rmarkdown, der viel mehr Funktionalität bietet. Es wird nicht mehr zur Verwendung empfohlen.
R Markdown ist eine Erweiterung der Markdown-Syntax. R Markdown-Dateien sind Nur-Text-Dateien, die normalerweise die Dateierweiterung haben .Rmd. Sie werden mit einer Erweiterung der Markdown-Syntax geschrieben, mit der R-Code auf eine Weise in sie eingebettet werden kann, die später ausgeführt werden kann.
Da erwartet wird, dass sie vom rmarkdownPaket verarbeitet werden , ist es möglich, die Pandoc-Markdown-Syntax als Teil einer R-Markdown-Datei zu verwenden. Dies ist eine Erweiterung der ursprünglichen Markdown-Syntax, die zusätzliche Funktionen wie HTML / Latex und Tabellen bietet.
Das R-Paket rmarkdownist eine Bibliothek, die .RmdDateien verarbeitet und in verschiedene Formate konvertiert .
Die Kernfunktion ist, rmarkdown::renderdie auf den Schultern des Pandoc steht . Diese Funktion rendert die Eingabedatei mit pandoc in das angegebene Ausgabeformat. Wenn die Eingabe knitr::knitgestrickt werden muss, wird vor pandoc aufgerufen.
Das Ziel des RMarkdown-Pakets besteht einfach darin, einigermaßen gute Standardeinstellungen und eine R-freundliche Oberfläche zum Anpassen der Pandoc-Optionen bereitzustellen. .
Die YAML-Metadaten, die oben in RMarkdown-Dateien angezeigt werden, dienen speziell dazu, Optionen zu übergeben rmarkdown::render, um den Erstellungsprozess zu steuern .
Beachten Sie, dass RMarkdown nur die Markdown-Syntax behandelt. Wenn Sie eine .Rhtmloder eine .RnwDatei konvertieren möchten , sollten Sie die integrierten Komfortfunktionen Knitrwie knitr::knit2htmlund verwendenknitr:knit2pdf
Knitr nimmt ein Nur-Text-Dokument mit eingebettetem Code, führt den Code aus und "strickt" die Ergebnisse wieder in das Dokument.
Zum Beispiel konvertiert es
.Rmd) Datei in eine Standard Markdown Datei ( .md).Rnw(Sweave-) Datei in das zu .texformatierende Format. .RhtmlDatei in HTML.Die Kernfunktion ist knitr::knitund standardmäßig wird das Eingabedokument angezeigt und versucht zu erraten, um welchen Typ es sich handelt - Rnw, Rmd usw.
Diese Kernfunktion erfüllt drei Rollen: - Ein Quellparser, der das Eingabedokument betrachtet und erkennt, welche Teile Code sind, den der Benutzer auswerten möchte. - Ein Code-Evaluator, der diesen Code auswertet. - Ein Ausgaberender, der die Ergebnisse der Auswertung in einem Format in das Dokument zurückschreibt, das vom Rohausgabetyp interpretiert werden kann. Wenn es sich bei der Eingabedatei beispielsweise um eine handelt .Rmd, markiert das Ausgabe-Rendering die Ausgabe der Code-Auswertung im .mdFormat.
Knitr konvertiert nicht zwischen Dokumentformaten, z. B. das Konvertieren von a .mdin a .html. Es bietet jedoch einige praktische Funktionen, mit denen Sie andere Bibliotheken verwenden können. Wenn Sie das rmarkdownPaket verwenden, sollten Sie diese Funktionalität ignorieren, da sie von ersetzt wurde rmarkdown::render.
Ein Beispiel ist knitr:knit2pdf: 'Stricken Sie das eingegebene Rnw- oder Rrst-Dokument und kompilieren Sie es mit texi2pdf oder rst2pdf in PDF'.
Eine mögliche Quelle der Verwirrung ist knitr::knit2html, dass "eine bequeme Funktion ist, um die Eingabe-Markdown-Quelle zu stricken und aufzurufen markdown::markdownToHTML, um das Ergebnis in HTML zu konvertieren." Dies ist jetzt eine Legacy-Funktionalität, da das markdownPaket vom rmarkdownPaket abgelöst wurde. Siehe diesen Hinweis .
Das Bookdown-Paket basiert auf R Markdown und übernimmt die Einfachheit der Markdown-Syntax sowie die Möglichkeit mehrerer Arten von Ausgabeformaten (PDF / HTML / Word /…).
Es bietet Funktionen wie mehrseitige HTML-Ausgabe, Nummerierung und Querverweise von Abbildungen / Tabellen / Abschnitten / Gleichungen, Einfügen von Teilen / Anhängen und den Import des GitBook-Stils ( https://www.gitbook.com ), um elegantes und ansprechendes HTML zu erstellen Buchseiten.
knitr_opts(ich vergesse immer, wie es heißt) oder über benutzerdefinierte Pandoc-Argumente oder über zusätzliche Yam-Dateien oder eine benutzerdefinierte Hilfe aufgerufen werden sollen Pandoc-Vorlage ... Manchmal fühlt es sich wie ein Dschungel an, besonders wenn Sie LaTeX zur Kette hinzufügen.
pandoc, weniger Magie, weniger Verwirrung. Nur die zugegebenermaßen steile LaTeX-Lernkurve. Meiner Meinung nach ist Rmarkdown großartig, wenn Sie mit den einfachen Standardmaterialien zufrieden sind. Sobald Sie es jedoch anpassen müssen, steigt die Komplexität schnell an.