So legen Sie die env-Variable im Jupyter-Notizbuch fest

Ich habe ein Problem, dass Jupyter die env-Variable in der bashrc-Datei nicht sehen kann. Gibt es eine Möglichkeit, diese Variablen in jupyter zu laden oder eine custome-Variable hinzuzufügen?

Um eine env-Variable in einem Jupyter-Notizbuch festzulegen, verwenden Sie einfach einen %magischen Befehl , entweder %envoder %set_env, z . B. %env MY_VAR=MY_VALUEoder %env MY_VAR MY_VALUE. (Verwenden%env diese Option, um aktuelle Umgebungsvariablen auszudrucken.)

Siehe: http://ipython.readthedocs.io/en/stable/interactive/magics.html

Sie können auch die Variablen in Ihrer kernel.jsonDatei festlegen :

Meine Lösung ist nützlich, wenn Sie jedes Mal, wenn Sie einen Jupyter-Kernel starten, dieselben Umgebungsvariablen benötigen, insbesondere wenn Sie mehrere Sätze von Umgebungsvariablen für verschiedene Aufgaben haben.

Gehen Sie wie folgt vor, um einen neuen Ipython-Kernel mit Ihren Umgebungsvariablen zu erstellen:

• Lesen Sie die Dokumentation unter https://jupyter-client.readthedocs.io/en/stable/kernels.html#kernel-specs
• Führen Sie diese aus jupyter kernelspec list, um eine Liste mit installierten Kerneln und dem Speicherort der Dateien anzuzeigen.
• Kopieren Sie das Verzeichnis, das die Datei kernel.json enthält (z. B. benannt python2), in ein neues Verzeichnis (z python2_myENV. B. ).
• Ändern Sie die display_namein der neuen kernel.jsonDatei.
• Fügen Sie ein envWörterbuch hinzu, das die Umgebungsvariablen definiert.

Ihr Kernel-JSON könnte so aussehen (ich habe nichts an der installierten Datei kernel.json geändert, außer display_nameund env):

{
 "display_name": "Python 2 with environment",
 "language": "python",
 "argv": [
  "/usr/bin/python2",
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "env": {"LD_LIBRARY_PATH":""}
}

Anwendungsfälle und Vorteile dieses Ansatzes

• In meinem Anwendungsfall wollte ich die Variable festlegen, die sich auf LD_LIBRARY_PATHdas Laden kompilierter Module (z. B. in C geschrieben) auswirkt. Das Einstellen dieser Variablen mit %set_envhat nicht funktioniert.
• Ich kann mehrere Python-Kernel mit unterschiedlichen Umgebungen haben.
• Um die Umgebung zu ändern, muss ich nur den Kernel wechseln / neu starten, aber ich muss die Jupyter-Instanz nicht neu starten (nützlich, wenn ich die Variablen in einem anderen Notizbuch nicht verlieren möchte). Siehe jedoch - https://github.com/jupyter/notebook/issues/2647

Wenn Sie Python verwenden, können Sie Ihre Umgebungsvariablen in einer .envDatei definieren und mit python-dotenv aus einem Jupyter-Notizbuch laden .

Installieren Sie python-dotenv:

pip install python-dotenv

Laden Sie die .envDatei in ein Jupyter-Notizbuch:

%load_ext dotenv
%dotenv

Sie können Umgebungsvariablen in Ihrem Code wie folgt einrichten:

import sys,os,os.path
sys.path.append(os.path.expanduser('~/code/eol_hsrl_python'))
os.environ['HSRL_INSTRUMENT']='gvhsrl'
os.environ['HSRL_CONFIG']=os.path.expanduser('~/hsrl_config')

Wenn dies natürlich eine vorübergehende Korrektur ist, müssen Sie wahrscheinlich die Variablen in Ihre exportieren, um eine dauerhafte zu erhalten. ~.profileWeitere Informationen finden Sie hier

Wenn Sie den Variablensatz benötigen, bevor Sie das Notebook starten, war die einzige Lösung, die für mich funktioniert hat, env VARIABLE=$VARIABLE jupyter notebookmit export VARIABLE=valuein .bashrc.

In meinem Fall benötigt Tensorflow die exportierte Variable, um sie erfolgreich in ein Notizbuch zu importieren.

Ein Fall, auf den ich gestoßen bin: Die folgenden zwei Befehle sind äquivalent. Beachten Sie, dass der erste keine Anführungszeichen verwenden kann. Etwas kontraintuitiv führt das Zitieren der Zeichenfolge bei der Verwendung %env VAR ...dazu, dass die Anführungszeichen als Teil des Variablenwerts enthalten sind, was wahrscheinlich nicht das ist, was Sie wollen.

%env MYPATH=C:/Folder Name/file.txt

und

import os
os.environ['MYPATH'] = "C:/Folder Name/file.txt"

Wenn Sie systemd verwenden, habe ich gerade herausgefunden, dass Sie sie anscheinend zur systemd-Einheitendatei hinzufügen müssen. Dies unter Ubuntu 16. Das Einfügen in .profile und .bashrc (sogar in das / etc / profile) führte dazu, dass die ENV-Vars in den Juypter-Notebooks nicht verfügbar waren.

Ich musste bearbeiten:

/lib/systemd/system/jupyer-notebook.service

und geben Sie die Variable ein, die ich in die Einheitendatei einlesen wollte, wie:

Environment=MYOWN_VAR=theVar

und nur dann konnte ich es aus einem Juypter-Notizbuch heraus lesen.

Eine verwandte (kurzfristige) Lösung besteht darin, Ihre Umgebungsvariablen in einer einzigen Datei mit einem vorhersehbaren Format zu speichern, das beim Starten eines Terminals bezogen und / oder in das Notizbuch eingelesen werden kann. Zum Beispiel habe ich eine Datei, .envdie meine Umgebungsvariablendefinitionen im Format hat VARIABLE_NAME=VARIABLE_VALUE(keine Leerzeilen oder zusätzliche Leerzeichen). Sie können diese Datei in den Dateien .bashrcoder zu .bash_profileBeginn einer neuen Terminalsitzung als Quelle verwenden und diese in ein Notizbuch mit folgenden Informationen einlesen:

import os
env_vars = !cat ../script/.env
for var in env_vars:
    key, value = var.split('=')
    os.environ[key] = value

Ich habe einen relativen Pfad verwendet, um zu zeigen, dass diese .envDatei überall leben und relativ zu dem Verzeichnis referenziert werden kann, das die Notebook-Datei enthält. Dies hat auch den Vorteil, dass die Variablenwerte in Ihrem Code nirgendwo angezeigt werden.