Bei der Installation von rJava mit dem install.packages("rJava")Befehl wird folgende Fehlermeldung angezeigt :

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Ich habe das Java JDK installiert und java -versiongebe Folgendes zurück:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Wenn ich nach dem Fehler google, sehe ich, dass andere das gleiche Problem haben, aber keine andere Lösung finden als "das gesamte JDK installieren, nicht nur die JRE", was ich getan habe.

Das andere, was ich gelesen habe, war zu laufen, sudo R CMD javareconfwas ziemlich fehlerfrei läuft.

Irgendwelche Ideen, was mein Problem ist?

[[EDIT]] Es ist ein paar Monate her, seit ich dieses Problem hatte. Ich hatte dies zunächst durch Bearbeiten meiner Java-Pfade gelöst, wie in der Antwort unten dargestellt. Ich bin kürzlich bei einer neuen Ubuntu-Installation auf dasselbe Problem gestoßen. Ich habe Dirks Empfehlung ausprobiert, das rJava-Paket mit apt-get zu installieren. Es hat perfekt funktioniert. Was ich anfangs nicht zu schätzen wusste, ist, dass die Installation von Paketen mit der Ubuntu apt-get-Methode sich grundlegend vom Laden desselben Pakets mit install.packages () innerhalb von R unterscheidet. Die Ubuntu-Pakete lösen einige Probleme, die ich nicht erkannt oder geschätzt habe .

Würde nicht

apt-get install r-cran-rjava

war einfacher? Du hättest mich bei useR fragen können! :) :)

Es stellte sich heraus, dass mein Problem ein Problem mit meiner JAVA_HOMEUmgebungsvariablen war. Ja, schockierend, ich weiß. Meine anfängliche Einstellung für PATHund JAVA_HOMEsah so aus:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Und ich habe hinzugefügt, /jreso dass es jetzt so aussieht:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Alles in Java schien ohne das /jregut zu funktionieren, aber rJava würde es nicht. Seltsam.

Danke - Ihr Vorschlag über $JAVA_HOMEführt mich zu einer ähnlichen Lösung:

prompt$ unset JAVA_HOME

vor dem Aufrufen von R.

Ich bin auf dasselbe Problem gestoßen, und es hat funktioniert, nachdem die folgenden Befehle ausgeführt wurden.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Weitere Informationen finden Sie unter http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

So mache ich es möglich:

Unter Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

in R:

install.packages("rJava")

Dies funktionierte für mich unter Ubuntu 12.04 und R Version 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Dies ist das Verzeichnis mit jni.h.

Erstellen Sie als Nächstes einen Softlink zu einer anderen erforderlichen Header-Datei (ich bin zu faul, um herauszufinden, wie mehr als ein Verzeichnis in die unten stehende Option JAVA_CPPFLAGS aufgenommen werden kann):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Schließlich

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Unten ist eine meiner Antworten auf einen anderen Beitrag - Fehler: Installierte Pakete können gerade nicht geladen werden
(dies ist auch für diese Frage relevant)

Für Linux (Ubuntu) Benutzer: Wenn Sie Oracle-Java (7/8) installiert haben. Es wird an diesem Ort sein /usr/lib/jvmund sudoZugang ist erforderlich.

Erstellen Sie die Datei /etc/ld.so.conf.d/java.confmit den folgenden Einträgen:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Ersetzen Sie Java-8-Orakel durch Java-7-Orakel, abhängig von Ihrer Java-Version)

Dann:

sudo ldconfig

Starten Sie RStudio neu und installieren Sie das rJava-Paket.

Ausführen von R unter Gentoo auf einem AMD64. Ich habe ein Upgrade auf R 2.12.0 durchgeführt

R-Version 2.12.0 (15.10.2010) Copyright (C) 2010 Die R-Stiftung für statistische Datenverarbeitung ISBN 3-900051-07-0 Plattform: x86_64-pc-linux-gnu (64-Bit) und diese lästigen Nachrichten gingen Weg.

Jan Vandermeer

Ich habe versucht, openjdk-7- * zu installieren, aber ich hatte immer noch Probleme bei der Installation von rJava. Es stellte sich heraus, dass es nach dem Neustart meines Computers überhaupt kein Problem gab.

so

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Das rJava-Paket sucht nach dem /usr/lib/jvm/default-java/Ordner. Es ist jedoch nicht standardmäßig verfügbar. Dieser Ordner verfügt über einen Symlink für das für das System konfigurierte Standard-Java.

Um das Standard-Java zu aktivieren, installieren Sie die folgenden Pakete:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Getestet auf Ubuntu 17.04 mit CRAN R 3.4.1

Was für mich funktioniert hat, war das Ändern von JAVA_HOME aus der Datei /usr/lib/R/etc/javaconf

Ich habe zuerst überprüft, welche Version von Java aktiviert war : sudo update-alternatives --config java. In meinem Fall war esjava-8-oracle

Ich habe die Datei geöffnet /usr/lib/R/etc/javaconfund ersetzt default-javadurch java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

ersetzt durch :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

Und dann sudo R CMD javareconf

Ich habe RStudio neu gestartet und konnte dann rJava installieren.

was ich mache ist hier:

1. Fügen Sie in /etc/apt/sources.list Folgendes hinzu:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Hinweis: Der rjava sollte die neueste Version sein

2 run: sudo apt-get update sudo apt-get installiere r-cran-rjava

Sobald Sie die alte Version von rjava aktualisiert haben, können Sie rhdfs_1.0.8 installieren.

Ich habe es zum Laufen gebracht , indem ich Folgendes heruntergeladen habe: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz und den Befehl R CMD installiere rJava_0.9-8.tar.gz

Ich hatte das gleiche Problem unter Windows 10. Ich habe das Problem mit dem folgenden Verfahren gelöst

1. Laden Sie Java von https://java.com/de/download/windows-64bit.jsp für 64-Bit-Fenster herunter. \ Installieren Sie es
2. Laden Sie das Java Development Kit von https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html für 64-Bit-Windows \ Install it herunter
3. Klicken Sie dann mit der rechten Maustaste auf das Symbol "Dieser PC" unter Desktop \ Eigenschaften \ Erweiterte Systemeinstellungen \ Erweitert \ Umgebungsvariablen \ Wählen Sie unter Systemvariablen Pfad \ Klicken Sie auf Bearbeiten \ Klicken Sie auf Neu \ Pfade kopieren und einfügen "C: \ Programme \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin ”und“ C: \ Programme \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin ”(ohne Anführungszeichen) \ OK \ OK \ OK

Hinweis : jdk1.8.0_201 und jre1.8.0_201 werden abhängig von der Version von Java Development Kit und Java geändert

4. Gehen Sie im Fenster Umgebungsvariablen zu Benutzervariablen für Benutzer \ Klicken Sie auf Neu \ Variablenname als "JAVA_HOME" und Variablenwert als "C: \ Programme \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin" \ Drücken Sie OK

Um die Installation zu überprüfen, öffnen Sie CMD \ Typ javac \ Drücken Sie die Eingabetaste und geben Sie java ein \ drücken Sie die Eingabetaste. Es wird angezeigt

In RStudio laufen

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Hinweis : jdk1.8.0_201 wird abhängig von der Version des Java Development Kit geändert

Jetzt können Sie das rJava-Paket problemlos installieren und laden.

Das Problem war, dass rJava nicht in RStudio( Version 1.0.136) installiert wird . Folgendes hat bei mir funktioniert ( macOS Sierra version 10.12.6) ( hier zu finden ):

Schritt-1: Herunterladen und Installieren javaforosx.dmgvon hier

Schritt 2: Führen Sie als Nächstes den Befehl in RStudio aus:

install.packages("rJava", type = 'source')

Ich habe unter Ubuntu 16.04 ein ähnliches Problem festgestellt und konnte es lösen, indem ich einen Ordner mit dem Namen "default-java" erstellt /usr/lib/jvmund den gesamten Inhalt von in den Ordner kopiert habe /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Ich habe mich für diese Lösung entschieden, da sich herausstellte, dass die Korrektur der Umgebungsvariablen JAVA_HOME keinen Nutzen hat.