Wie kombiniere ich zwei RMarkdown (.Rmd) -Dateien in einer einzigen Ausgabe?

Ich habe zwei Dateien im selben Ordner: Kapitel1.Rmd und Kapitel2.Rmd mit folgendem Inhalt:

Kapitel 1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

Kapitel 2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

Wie kann ich diese so stricken, dass sie zu einer einzigen PDF-Ausgabe kombiniert werden?

Funktioniert natürlich render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")perfekt , funktioniert aber render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")nicht.

Warum möchte ich das tun? Ein riesiges Dokument in logische Dateien aufteilen.

Ich habe @hadley ‚s verwendet bookdown Paket zu erstellen Latex aus .Rmd aber dies scheint übertrieben für diese besondere Aufgabe. Gibt es eine einfache Lösung mit der Befehlszeile knitr / pandoc / linux, die mir fehlt? Vielen Dank.

Update August 2018: Diese Antwort wurde vor dem Aufkommen von Bookdown geschrieben. Dies ist ein leistungsfähigerer Ansatz zum Schreiben von Rmarkdown-basierten Büchern. Schauen Sie sich das Beispiel für eine minimale Buchung in der Antwort von @ Mikey-Harper an !

Wenn ich einen großen Bericht in separate Rmd aufteilen möchte, erstelle ich normalerweise eine übergeordnete Rmd und füge die Kapitel als untergeordnete hinzu. Dieser Ansatz ist für neue Benutzer leicht zu verstehen. Wenn Sie ein Inhaltsverzeichnis (toc) einfügen, können Sie leicht zwischen den Kapiteln navigieren.

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

Kapitel 1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

Kapitel 2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Bauen

rmarkdown::render('report.Rmd')

Welches produziert:

Und wenn Sie schnell die Blöcke für Ihre untergeordneten Dokumente erstellen möchten:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Ich würde empfehlen, dass Benutzer das Bookdown- Paket zum Erstellen von Berichten aus mehreren R Markdown-Dateien verwenden. Es werden viele nützliche Funktionen wie Querverweise hinzugefügt, die für längere Dokumente sehr nützlich sind.

Wenn Sie das Beispiel von @Eric anpassen , finden Sie hier ein minimales Beispiel für das Bookdown- Setup. Das Hauptdetail ist, dass die Hauptdatei aufgerufen index.Rmdwerden muss und die zusätzliche YAML-Zeile enthalten muss site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Wenn wir index.Rmd stricken, werden alle Dateien im selben Verzeichnis in alphabetischer Reihenfolge zusammengeführt (dieses Verhalten kann mithilfe einer zusätzlichen _bookdown.ymlDatei geändert werden ).

Sobald Sie mit dieser Grundeinstellung vertraut sind, können Sie das Buchungsdokument und die Ausgabeformate mithilfe zusätzlicher Konfigurationsdateien (z. B. _bookdown.ymlund) einfach anpassen_output.yml

Weiterführende Literatur

• R Markdown: Der endgültige Leitfaden : Kapitel 11 bietet einen guten Überblick über die Buchung
• Das Verfassen von Büchern mit Bookdown bietet eine umfassende Anleitung zum Bookdown und wird für weiterführende Details empfohlen.

Das hat bei mir funktioniert:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Stellen Sie sich vor, es gibt eine bessere Lösung und es wäre schön, so etwas in Rmarkdown- oder Knitr-Paketen zu haben.