write.table schreibt unerwünschte führende leere Spalten in den Header, wenn Rownamen vorhanden sind

Überprüfen Sie dieses Beispiel:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

Die Tabelle wird korrekt angezeigt. Es gibt zwei verschiedene Möglichkeiten, es in eine Datei zu schreiben ...

write.csv(a, 'a.csv') was wie erwartet gibt:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

und write.table(a, 'a.txt')was vermasselt

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

in der Tat fehlt eine leere Lasche ... was für nachgeschaltete Dinge ein Schmerz im Hintern ist. Ist das ein Fehler oder eine Funktion? Gibt es eine Problemumgehung? (anders als write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Prost, Yannick

Zitieren ?write.table, Abschnitt CSV-Dateien :

Standardmäßig gibt es keinen Spaltennamen für eine Spalte mit Zeilennamen. Wenn col.names = NAund row.names = TRUEein leerer Spaltenname hinzugefügt wird, ist dies die Konvention, die verwendet wird, damit CSV-Dateien von Tabellenkalkulationen gelesen werden.

Also musst du tun

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

und du bekommst

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Eine geringfügige Änderung an der sehr hilfreichen Antwort von @Marek fügt der Spalte "Rownames" einen Header hinzu: Fügen Sie die Rownames vorübergehend als erste Spalte im data.frame hinzu und schreiben Sie diese, wobei Sie die tatsächlichen Rownames ignorieren.

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

und du bekommst

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Für alle, die in der tidyverse arbeiten (dplyr usw.), kann die rownames_to_column()Funktion aus dem tibble- Paket verwendet werden, um row.names einfach in eine Spalte zu konvertieren, z.

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

Wenn Sie dies mit der row.names=FALSEOption in write.table()kombinieren, erhalten Sie eine Ausgabe mit Kopfzeilennamen für alle Spalten.

Für diejenigen, die das gleiche Problem beim Speichern einer Matrix mit haben write.table()und die Spalte row.names beibehalten möchten, gibt es tatsächlich eine äußerst einfache Lösung:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

Auf diese Weise bringen Sie die write.tableFunktion dazu, eine Kopfzeilenbezeichnung für die Spalte row.names zu erstellen. Die resultierende CSV-Datei würde folgendermaßen aussehen:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

Ich habe eine einfache Funktion von @mnel überarbeitet, die durch die Verwendung von Verbindungen mehr Flexibilität bietet. Hier ist die Funktion:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Sie können die Funktion 'write.table', 'write.csv', 'write.delim' usw. angeben.

Prost!