Beachten Sie, dass difflib.SequenceMatcher
nur die längste zusammenhängende übereinstimmende Teilsequenz gefunden wird. Dies ist häufig nicht erwünscht, zum Beispiel:
>>> a1 = "Apple"
>>> a2 = "Appel"
>>> a1 *= 50
>>> a2 *= 50
>>> SequenceMatcher(None, a1, a2).ratio()
0.012 # very low
>>> SequenceMatcher(None, a1, a2).get_matching_blocks()
[Match(a=0, b=0, size=3), Match(a=250, b=250, size=0)] # only the first block is recorded
Das Finden der Ähnlichkeit zwischen zwei Strings hängt eng mit dem Konzept der paarweisen Sequenzausrichtung in der Bioinformatik zusammen. Hierfür gibt es viele dedizierte Bibliotheken, einschließlich Biopython . Dieses Beispiel implementiert den Needleman Wunsch-Algorithmus :
>>> from Bio.Align import PairwiseAligner
>>> aligner = PairwiseAligner()
>>> aligner.score(a1, a2)
200.0
>>> aligner.algorithm
'Needleman-Wunsch'
Die Verwendung von Biopython oder einem anderen Bioinformatik-Paket ist flexibler als jeder Teil der Python-Standardbibliothek, da viele verschiedene Bewertungsschemata und -algorithmen verfügbar sind. Außerdem können Sie die passenden Sequenzen abrufen, um zu visualisieren, was passiert:
>>> alignment = next(aligner.align(a1, a2))
>>> alignment.score
200.0
>>> print(alignment)
Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-
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App-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-el